Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G003300.1
Synonym Sb09g000500
Functional annotation expressed protein
UniProt C5YXZ9
Pfam -
Panther DB PTHR33065 PTHR33065:SF10
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g03210.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G192600 FACT complex subunit SPT16, putative, expressed -
2 Sobic.005G110300 - -
3 Sobic.002G124600 RNA recognition motif family protein, expressed K13094: RNA-binding protein 5/10
4 Sobic.003G041100 myb/SANT domain protein, putative, expressed -
5 Sobic.005G110200 - -
6 Sobic.001G375100 AAA-type ATPase family protein, putative, expressed -
7 Sobic.004G263600 - K03655: ATP-dependent DNA helicase RecG
8 Sobic.009G191000 MATH domain containing protein, expressed -
9 Sobic.007G193700 Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative, expressed -
10 Sobic.002G386100 expressed protein -
11 Sobic.009G161550 - -
12 Sobic.008G137400 - -
13 Sobic.004G070500 expressed protein -
14 Sobic.003G247500 expressed protein -
15 Sobic.004G091100 nuclear protein ZAP-related, putative, expressed K17602: YLP motif-containing protein 1
16 Sobic.004G174200 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K12813: pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
17 Sobic.002G034100 D-alanine--D-alanine ligase family, putative, expressed -
18 Sobic.001G100900 OsDegp14 - Putative Deg protease homologue, expressed -
19 Sobic.002G008900 sister chromatid cohesion 2, putative, expressed K06672: SCC2, cohesin loading factor subunit SCC2
20 Sobic.002G134200 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11293: HIRA, protein HIRA/HIR1


Gene co-expression network
sample Sobic009G003300 Sobic009G003300 Sobic007G192600 Sobic007G192600 Sobic009G003300--Sobic007G192600 Sobic005G110300 Sobic005G110300 Sobic009G003300--Sobic005G110300 Sobic002G124600 Sobic002G124600 Sobic009G003300--Sobic002G124600 Sobic003G041100 Sobic003G041100 Sobic009G003300--Sobic003G041100 Sobic005G110200 Sobic005G110200 Sobic009G003300--Sobic005G110200 Sobic001G375100 Sobic001G375100 Sobic009G003300--Sobic001G375100 Sobic004G263600 Sobic004G263600 Sobic009G003300--Sobic004G263600 Sobic009G191000 Sobic009G191000 Sobic009G003300--Sobic009G191000 Sobic007G193700 Sobic007G193700 Sobic009G003300--Sobic007G193700 Sobic007G192600--Sobic002G124600 Sobic007G192600--Sobic004G263600 Sobic007G192600--Sobic009G003300 Sobic001G374100 Sobic001G374100 Sobic007G192600--Sobic001G374100 Sobic001G530900 Sobic001G530900 Sobic007G192600--Sobic001G530900 Sobic006G234601 Sobic006G234601 Sobic007G192600--Sobic006G234601 Sobic008G044100 Sobic008G044100 Sobic007G192600--Sobic008G044100 Sobic001G519900 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Octagon: transcription factors


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