Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G015700.1
Synonym Sb10g001540
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5Z2X0
Pfam PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF877
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G08510 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g03570.2 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a050233 , Zm00025a025197
Brachypodium -
Barley HORVU4Hr1G042720.1 , HORVU7Hr1G009770.4 , HORVU0Hr1G027380.2 , HORVU0Hr1G027380.1 , HORVU2Hr1G127750.1 , HORVU2Hr1G127750.2
Wheat TraesCS7D02G048800 , TraesCS7A02G053600 , TraesCSU02G221800 , TraesCSU02G221800 , TraesCSU02G229700 , TraesCSU02G236777 , TraesCSU02G220700 , TraesCSU02G220700
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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G226300 SDA1, putative, expressed K14856: SDA1, protein SDA1
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3 Sobic.003G184400 jmjC domain-containing protein 4, putative, expressed -
4 Sobic.005G009200 expressed protein -
5 Sobic.005G199200 nuclear pore protein 84/107 containing protein, expressed K14301: NUP107, nuclear pore complex protein Nup107
6 Sobic.006G223400 - -
7 Sobic.002G177500 expressed protein -
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19 Sobic.004G036300 marker Xucw84, putative, expressed -
20 Sobic.005G028100 nucleolar complex protein 2, putative, expressed K14833: nucleolar complex protein 2


Gene co-expression network
sample Sobic010G015700 Sobic010G015700 Sobic006G226300 Sobic006G226300 Sobic010G015700--Sobic006G226300 Sobic001G334100 Sobic001G334100 Sobic010G015700--Sobic001G334100 Sobic003G184400 Sobic003G184400 Sobic010G015700--Sobic003G184400 Sobic005G009200 Sobic005G009200 Sobic010G015700--Sobic005G009200 Sobic005G199200 Sobic005G199200 Sobic010G015700--Sobic005G199200 Sobic006G223400 Sobic006G223400 Sobic010G015700--Sobic006G223400 Sobic002G177500 Sobic002G177500 Sobic010G015700--Sobic002G177500 Sobic002G142600 Sobic002G142600 Sobic010G015700--Sobic002G142600 Sobic004G227100 Sobic004G227100 Sobic010G015700--Sobic004G227100 Sobic006G226300--Sobic002G142600 Sobic001G346900 Sobic001G346900 Sobic006G226300--Sobic001G346900 Sobic005G157100 Sobic005G157100 Sobic006G226300--Sobic005G157100 Sobic003G042400 Sobic003G042400 Sobic006G226300--Sobic003G042400 Sobic004G285000 Sobic004G285000 Sobic006G226300--Sobic004G285000 Sobic008G147200 Sobic008G147200 Sobic006G226300--Sobic008G147200 Sobic005G137700 Sobic005G137700 Sobic006G226300--Sobic005G137700 Sobic003G258900 Sobic003G258900 Sobic006G226300--Sobic003G258900 Sobic001G246500 Sobic001G246500 Sobic006G226300--Sobic001G246500 Sobic007G143500 Sobic007G143500 Sobic001G334100--Sobic007G143500 Sobic001G334100--Sobic003G184400 Sobic001G334100--Sobic005G199200 Sobic003G259600 Sobic003G259600 Sobic001G334100--Sobic003G259600 Sobic005G059400 Sobic005G059400 Sobic001G334100--Sobic005G059400 Sobic001G334100--Sobic002G142600 Sobic006G180700 Sobic006G180700 Sobic001G334100--Sobic006G180700 Sobic004G067400 Sobic004G067400 Sobic001G334100--Sobic004G067400 Sobic005G000300 Sobic005G000300 Sobic001G334100--Sobic005G000300 Sobic003G184400--Sobic005G199200 Sobic003G184400--Sobic001G334100 Sobic003G184400--Sobic002G142600 Sobic009G074700 Sobic009G074700 Sobic003G184400--Sobic009G074700 Sobic004G036700 Sobic004G036700 Sobic003G184400--Sobic004G036700 Sobic001G090300 Sobic001G090300 Sobic003G184400--Sobic001G090300 Sobic002G005000 Sobic002G005000 Sobic003G184400--Sobic002G005000 Sobic003G184400--Sobic005G137700 Sobic002G408600 Sobic002G408600 Sobic003G184400--Sobic002G408600 Sobic002G362300 Sobic002G362300 Sobic005G009200--Sobic002G362300 Sobic003G442000 Sobic003G442000 Sobic005G009200--Sobic003G442000 Sobic001G371000 Sobic001G371000 Sobic005G009200--Sobic001G371000 Sobic008G129700 Sobic008G129700 Sobic005G009200--Sobic008G129700 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic005G009200--Sobic008G117200 Sobic009G151200 Sobic009G151200 Sobic005G009200--Sobic009G151200 Sobic002G259800 Sobic002G259800 Sobic005G009200--Sobic002G259800 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic005G009200--Sobic002G421700 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic005G009200--Sobic008G034600 Sobic005G199200--Sobic001G090300 Sobic005G199200--Sobic003G184400 Sobic004G128200 Sobic004G128200 Sobic005G199200--Sobic004G128200 Sobic005G199200--Sobic001G334100 Sobic009G104900 Sobic009G104900 Sobic005G199200--Sobic009G104900 Sobic001G373000 Sobic001G373000 Sobic005G199200--Sobic001G373000 Sobic010G278600 Sobic010G278600 Sobic005G199200--Sobic010G278600 Sobic005G199200--Sobic002G142600 Sobic003G246000 Sobic003G246000 Sobic005G199200--Sobic003G246000 Sobic005G020000 Sobic005G020000 Sobic006G223400--Sobic005G020000 Sobic006G223400--Sobic010G015700 Sobic002G105101 Sobic002G105101 Sobic006G223400--Sobic002G105101 Sobic006G223400--Sobic008G147200 Sobic001G013300 Sobic001G013300 Sobic006G223400--Sobic001G013300 Sobic006G223400--Sobic001G334100 Sobic006G223400--Sobic005G000300 Sobic006G223400--Sobic003G184400 Sobic003G376500 Sobic003G376500 Sobic006G223400--Sobic003G376500 Sobic001G370300 Sobic001G370300 Sobic002G177500--Sobic001G370300 Sobic002G177500--Sobic004G285000 Sobic001G168100 Sobic001G168100 Sobic002G177500--Sobic001G168100 Sobic003G436600 Sobic003G436600 Sobic002G177500--Sobic003G436600 Sobic002G177500--Sobic001G013300 Sobic002G223300 Sobic002G223300 Sobic002G177500--Sobic002G223300 Sobic002G399200 Sobic002G399200 Sobic002G177500--Sobic002G399200 Sobic002G177500--Sobic006G226300 Sobic002G177500--Sobic009G151200 Sobic002G142600--Sobic006G226300 Sobic009G235200 Sobic009G235200 Sobic002G142600--Sobic009G235200 Sobic002G142600--Sobic005G199200 Sobic002G142600--Sobic001G334100 Sobic002G142600--Sobic003G184400 Sobic002G142600--Sobic009G074700 Sobic006G131200 Sobic006G131200 Sobic002G142600--Sobic006G131200 Sobic006G185200 Sobic006G185200 Sobic002G142600--Sobic006G185200 Sobic010G007100 Sobic010G007100 Sobic002G142600--Sobic010G007100 Sobic005G178700 Sobic005G178700 Sobic004G227100--Sobic005G178700 Sobic008G056900 Sobic008G056900 Sobic004G227100--Sobic008G056900 Sobic006G271900 Sobic006G271900 Sobic004G227100--Sobic006G271900 Sobic007G185600 Sobic007G185600 Sobic004G227100--Sobic007G185600 Sobic004G226900 Sobic004G226900 Sobic004G227100--Sobic004G226900 Sobic004G227100--Sobic010G015700 Sobic004G077000 Sobic004G077000 Sobic004G227100--Sobic004G077000 Sobic004G227100--Sobic002G399200 Sobic004G227100--Sobic004G036700
Octagon: transcription factors


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