Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G043900.1
Synonym
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A194YH82
Pfam -
Panther DB PTHR33869 PTHR33869:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g34280.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G338500 sugar transporter 1(PubMedID : 26465154)@SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@transporter family protein, putative, expressed -
2 Sobic.008G027600 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
3 Sobic.002G422300 ethylene-insensitive 3, putative, expressed K14514: ethylene-insensitive protein 3
4 Sobic.005G213600 Deletion of the Low Germination Stimulant 1 (LGS1) gene gives a Striga‐resistance trait in sorghum. Strigolactone precursor 18-hydroxycarlactonoic acid (18-OH-CLA) is a substrate for LGS1.(PubMedID : 34525227)@sulfotransferase domain containing protein, expressed -
5 Sobic.006G158400 short-chain dehydrogenase/reductase, putative, expressed K15095: (+)-neomenthol dehydrogenase
6 Sobic.001G238400 expansin precursor, putative, expressed -
7 Sobic.003G026400 aquaporin protein, putative, expressed K09874: aquaporin NIP
8 Sobic.003G043600 BAHD acyl transferase(PubMedID : 28944535)@transferase family protein, putative, expressed -
9 Sobic.005G213500 leucoanthocyanidin dioxygenase, putative, expressed -
10 Sobic.003G364950 - -
11 Sobic.010G156500 expressed protein -
12 Sobic.010G082600 EF hand family protein, putative, expressed -
13 Sobic.003G007600 expressed protein -
14 Sobic.006G008000 O-methyltransferase, putative, expressed -
15 Sobic.002G004900 transporter family protein, putative, expressed -
16 Sobic.004G203700 ubiquitin family protein, putative, expressed -
17 Sobic.001G114900 - -
18 Sobic.003G364300 similar to Basic class III chitinase OsChib3b precursor(PubMedID : 29862293)@glycosyl hydrolase, putative, expressed K01183: chitinase
19 Sobic.006G154500 GEM, putative, expressed -
20 Sobic.008G127933 - -


Gene co-expression network
sample Sobic010G043900 Sobic010G043900 Sobic002G338500 Sobic002G338500 Sobic010G043900--Sobic002G338500 Sobic008G027600 Sobic008G027600 Sobic010G043900--Sobic008G027600 Sobic002G422300 Sobic002G422300 Sobic010G043900--Sobic002G422300 Sobic005G213600 Sobic005G213600 Sobic010G043900--Sobic005G213600 Sobic006G158400 Sobic006G158400 Sobic010G043900--Sobic006G158400 Sobic001G238400 Sobic001G238400 Sobic010G043900--Sobic001G238400 Sobic003G026400 Sobic003G026400 Sobic010G043900--Sobic003G026400 Sobic003G043600 Sobic003G043600 Sobic010G043900--Sobic003G043600 Sobic005G213500 Sobic005G213500 Sobic010G043900--Sobic005G213500 Sobic002G338500--Sobic003G043600 Sobic003G382600 Sobic003G382600 Sobic002G338500--Sobic003G382600 Sobic002G055700 Sobic002G055700 Sobic002G338500--Sobic002G055700 Sobic010G156500 Sobic010G156500 Sobic002G338500--Sobic010G156500 Sobic003G364300 Sobic003G364300 Sobic002G338500--Sobic003G364300 Sobic009G145500 Sobic009G145500 Sobic002G338500--Sobic009G145500 Sobic009G145700 Sobic009G145700 Sobic002G338500--Sobic009G145700 Sobic002G353900 Sobic002G353900 Sobic002G338500--Sobic002G353900 Sobic005G196800 Sobic005G196800 Sobic002G338500--Sobic005G196800 Sobic008G027600--Sobic006G158400 Sobic002G369400 Sobic002G369400 Sobic008G027600--Sobic002G369400 Sobic008G158100 Sobic008G158100 Sobic008G027600--Sobic008G158100 Sobic008G027600--Sobic010G043900 Sobic001G318500 Sobic001G318500 Sobic008G027600--Sobic001G318500 Sobic001G114900 Sobic001G114900 Sobic008G027600--Sobic001G114900 Sobic003G007600 Sobic003G007600 Sobic008G027600--Sobic003G007600 Sobic008G027600--Sobic009G145500 Sobic002G243000 Sobic002G243000 Sobic008G027600--Sobic002G243000 Sobic002G422300--Sobic010G043900 Sobic008G158332 Sobic008G158332 Sobic002G422300--Sobic008G158332 Sobic002G010900 Sobic002G010900 Sobic002G422300--Sobic002G010900 Sobic002G422300--Sobic001G114900 Sobic006G268500 Sobic006G268500 Sobic002G422300--Sobic006G268500 Sobic009G071000 Sobic009G071000 Sobic002G422300--Sobic009G071000 Sobic002G422300--Sobic008G027600 Sobic006G101300 Sobic006G101300 Sobic002G422300--Sobic006G101300 Sobic002G422300--Sobic003G026400 Sobic005G213600--Sobic010G156500 Sobic005G213600--Sobic005G213500 Sobic005G213600--Sobic010G043900 Sobic005G213600--Sobic003G364300 Sobic005G213600--Sobic001G238400 Sobic005G107900 Sobic005G107900 Sobic005G213600--Sobic005G107900 Sobic001G502400 Sobic001G502400 Sobic005G213600--Sobic001G502400 Sobic007G008100 Sobic007G008100 Sobic005G213600--Sobic007G008100 Sobic001G313600 Sobic001G313600 Sobic005G213600--Sobic001G313600 Sobic008G127933 Sobic008G127933 Sobic006G158400--Sobic008G127933 Sobic006G158400--Sobic008G027600 Sobic001G237900 Sobic001G237900 Sobic006G158400--Sobic001G237900 Sobic010G158500 Sobic010G158500 Sobic006G158400--Sobic010G158500 Sobic007G204700 Sobic007G204700 Sobic006G158400--Sobic007G204700 Sobic006G158400--Sobic003G007600 Sobic006G158400--Sobic010G043900 Sobic006G158400--Sobic001G318500 Sobic003G299300 Sobic003G299300 Sobic006G158400--Sobic003G299300 Sobic001G304100 Sobic001G304100 Sobic001G238400--Sobic001G304100 Sobic001G238400--Sobic001G237900 Sobic001G238400--Sobic003G007600 Sobic009G188000 Sobic009G188000 Sobic001G238400--Sobic009G188000 Sobic004G318700 Sobic004G318700 Sobic001G238400--Sobic004G318700 Sobic001G238400--Sobic003G299300 Sobic004G292900 Sobic004G292900 Sobic001G238400--Sobic004G292900 Sobic006G234800 Sobic006G234800 Sobic001G238400--Sobic006G234800 Sobic006G132900 Sobic006G132900 Sobic001G238400--Sobic006G132900 Sobic003G026400--Sobic001G114900 Sobic003G026400--Sobic010G043900 Sobic003G026400--Sobic002G338500 Sobic003G026400--Sobic006G158400 Sobic006G008000 Sobic006G008000 Sobic003G026400--Sobic006G008000 Sobic003G026400--Sobic008G027600 Sobic010G082600 Sobic010G082600 Sobic003G026400--Sobic010G082600 Sobic006G141700 Sobic006G141700 Sobic003G026400--Sobic006G141700 Sobic003G264600 Sobic003G264600 Sobic003G026400--Sobic003G264600 Sobic003G043600--Sobic002G338500 Sobic003G043600--Sobic009G145500 Sobic003G268600 Sobic003G268600 Sobic003G043600--Sobic003G268600 Sobic006G075400 Sobic006G075400 Sobic003G043600--Sobic006G075400 Sobic003G442100 Sobic003G442100 Sobic003G043600--Sobic003G442100 Sobic001G310600 Sobic001G310600 Sobic003G043600--Sobic001G310600 Sobic009G184000 Sobic009G184000 Sobic003G043600--Sobic009G184000 Sobic003G043600--Sobic009G145700 Sobic001G318700 Sobic001G318700 Sobic003G043600--Sobic001G318700 Sobic005G213500--Sobic010G156500 Sobic003G364000 Sobic003G364000 Sobic005G213500--Sobic003G364000 Sobic005G213500--Sobic005G213600 Sobic005G213500--Sobic003G364300 Sobic005G213500--Sobic006G132900 Sobic005G213500--Sobic002G338500 Sobic005G213500--Sobic010G043900 Sobic010G259500 Sobic010G259500 Sobic005G213500--Sobic010G259500 Sobic005G005600 Sobic005G005600 Sobic005G213500--Sobic005G005600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.