Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G135300.2
Synonym Sb01g011830
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1Z5S5J1
Pfam -
Panther DB PTHR23424 PTHR23424:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G22820 : ARM repeat superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g47980.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a007618
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS4A02G286000 , TraesCS4A02G286000 , TraesCS4A02G286000
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.001G135300


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G010600 expressed protein K09602: ubiquitin thioesterase protein OTUB1
2 Sobic.007G162500 histone-lysine N-methyltransferase, putative, expressed K11420: [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase EHMT
3 Sobic.006G154100 mRNA cap guanine-N7 methyltransferase 2, putative, expressed K00565: mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase
4 Sobic.003G432800 CRS1/YhbY domain containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.006G146900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
6 Sobic.004G039900 expressed protein -
7 Sobic.006G255900 tubulin/FtsZ domain containing protein, putative, expressed K03531: cell division protein FtsZ
8 Sobic.002G237700 expressed protein -
9 Sobic.005G150900 growth regulating factor protein, putative, expressed -
10 Sobic.003G218700 LSD1 zinc finger domain containing protein, expressed -
11 Sobic.003G030000 expressed protein -
12 Sobic.004G010500 OsFBX52 - F-box domain containing protein, expressed -
13 Sobic.004G020100 division protein, putative, expressed -
14 Sobic.004G017300 adaptor complexes medium subunit family domain containing protein, expressed K12398: AP-3 complex subunit mu
15 Sobic.002G375900 glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein, putative, expressed -
16 Sobic.010G080600 - -
17 Sobic.001G404000 glucan endo-1,3-beta-glucosidase 9 precursor, putative, expressed -
18 Sobic.004G343200 dehydrogenase, putative, expressed K00121: frmA, ADH5, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / alcohol dehydrogenase
19 Sobic.006G262501 - -
20 Sobic.010G236200 RecF/RecN/SMC N terminal domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G135300 Sobic001G135300 Sobic004G010600 Sobic004G010600 Sobic001G135300--Sobic004G010600 Sobic007G162500 Sobic007G162500 Sobic001G135300--Sobic007G162500 Sobic006G154100 Sobic006G154100 Sobic001G135300--Sobic006G154100 Sobic003G432800 Sobic003G432800 Sobic001G135300--Sobic003G432800 Sobic006G146900 Sobic006G146900 Sobic001G135300--Sobic006G146900 Sobic004G039900 Sobic004G039900 Sobic001G135300--Sobic004G039900 Sobic006G255900 Sobic006G255900 Sobic001G135300--Sobic006G255900 Sobic002G237700 Sobic002G237700 Sobic001G135300--Sobic002G237700 Sobic005G150900 Sobic005G150900 Sobic001G135300--Sobic005G150900 Sobic004G010600--Sobic001G135300 Sobic003G218700 Sobic003G218700 Sobic004G010600--Sobic003G218700 Sobic001G507600 Sobic001G507600 Sobic004G010600--Sobic001G507600 Sobic004G010500 Sobic004G010500 Sobic004G010600--Sobic004G010500 Sobic010G080600 Sobic010G080600 Sobic004G010600--Sobic010G080600 Sobic006G026250 Sobic006G026250 Sobic004G010600--Sobic006G026250 Sobic008G088866 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Octagon: transcription factors


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