Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G414900.1
Synonym Sb01g039070
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6QP15
Pfam PF14383 PF12552 PF14309
Panther DB PTHR21726 PTHR21726:SF33
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G53540 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g17210.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a052725
Brachypodium KQK14444
Barley -
Wheat TraesCS4B02G202700 , TraesCS4A02G101900 , TraesCS4D02G203600
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.001G414900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G158300 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, putative, expressed K10527: enoyl-CoA hydratase/3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
2 Sobic.001G453000 no apical meristem protein, putative, expressed -
3 Sobic.010G089800 expressed protein -
4 Sobic.003G294600 Homeobox domain containing protein, expressed -
5 Sobic.006G036100 expressed protein K11266: MAternally affected uncoordination
6 Sobic.007G077900 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
7 Sobic.002G308500 peptide-Nasparagine amidase, putative, expressed K01456: E3.5.1.52, NGLY1, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
8 Sobic.009G142000 plus-3 domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.002G009300 expressed protein K01427: urease
10 Sobic.005G106200 expressed protein K10290: F-box protein 3
11 Sobic.008G132000 RGH1A, putative, expressed -
12 Sobic.010G174700 expressed protein -
13 Sobic.002G405500 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11841: USP10, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
14 Sobic.007G031600 zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein, expressed -
15 Sobic.010G053600 pre-mRNA-processing-splicing factor 8, putative, expressed K12856: PRPF8, pre-mRNA-processing factor 8
16 Sobic.007G155500 pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
17 Sobic.007G019300 adaptin, putative, expressed K12397: AP-3 complex subunit beta
18 Sobic.007G098500 BIG, putative, expressed K10691: UBR4, E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
19 Sobic.010G138900 cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region family protein, expressed K11991: tRNA(adenine34) deaminase
20 Sobic.005G096400 protein kinase domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G414900 Sobic001G414900 Sobic003G158300 Sobic003G158300 Sobic001G414900--Sobic003G158300 Sobic001G453000 Sobic001G453000 Sobic001G414900--Sobic001G453000 Sobic010G089800 Sobic010G089800 Sobic001G414900--Sobic010G089800 Sobic003G294600 Sobic003G294600 Sobic001G414900--Sobic003G294600 Sobic006G036100 Sobic006G036100 Sobic001G414900--Sobic006G036100 Sobic007G077900 Sobic007G077900 Sobic001G414900--Sobic007G077900 Sobic002G308500 Sobic002G308500 Sobic001G414900--Sobic002G308500 Sobic009G142000 Sobic009G142000 Sobic001G414900--Sobic009G142000 Sobic002G009300 Sobic002G009300 Sobic001G414900--Sobic002G009300 Sobic002G409800 Sobic002G409800 Sobic003G158300--Sobic002G409800 Sobic002G189400 Sobic002G189400 Sobic003G158300--Sobic002G189400 Sobic003G158300--Sobic001G414900 Sobic004G127700 Sobic004G127700 Sobic003G158300--Sobic004G127700 Sobic002G392700 Sobic002G392700 Sobic003G158300--Sobic002G392700 Sobic010G205500 Sobic010G205500 Sobic003G158300--Sobic010G205500 Sobic001G233700 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Octagon: transcription factors


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