Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G155500.2
Synonym
Functional annotation pentatricopeptide containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RA52
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF594
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G65560 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g20610.1 : pentatricopeptide containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a005413
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G143800 nodal modulator 1 precursor, putative, expressed -
2 Sobic.010G114900 expressed protein -
3 Sobic.001G453000 no apical meristem protein, putative, expressed -
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13 Sobic.002G340900 ATMIN7, putative, expressed K13462: guanine nucleotide-exchange factor
14 Sobic.005G010900 expressed protein K14311: nuclear pore complex protein Nup188
15 Sobic.002G371600 Spc97 / Spc98 family protein, putative, expressed K16572: TUBGCP5, gamma-tubulin complex component 5
16 Sobic.001G453400 CCAAT/enhancer-binding protein, putative, expressed K14832: MAK21, NOC1, ribosome biogenesis protein MAK21
17 Sobic.001G248100 histone acetyltransferase GCN5, putative, expressed K06062: PCAF, KAT2, histone acetyltransferase
18 Sobic.002G405500 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11841: USP10, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
19 Sobic.008G092800 expressed protein -
20 Sobic.004G141800 expressed protein -


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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