Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G125500.2,Sobic.006G125500.1
Synonym CIP4.1, Sb06g020570
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1Z5RDJ2 , C5YAW0
Pfam -
Panther DB PTHR13164 PTHR13164:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G00930 : COP1-interacting protein 4.1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g40720.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a056326 , Zm00025a010962
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G308500 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed -
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16 Sobic.006G178100 coiled-coil domain-containing protein 139, putative, expressed K07583: tRNA pseudouridine synthase 10
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18 Sobic.004G031300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.005G026400 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
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Gene co-expression network
sample Sobic006G125500 Sobic006G125500 Sobic003G308500 Sobic003G308500 Sobic006G125500--Sobic003G308500 Sobic004G224600 Sobic004G224600 Sobic006G125500--Sobic004G224600 Sobic006G002800 Sobic006G002800 Sobic006G125500--Sobic006G002800 Sobic003G146600 Sobic003G146600 Sobic006G125500--Sobic003G146600 Sobic002G371600 Sobic002G371600 Sobic006G125500--Sobic002G371600 Sobic010G080700 Sobic010G080700 Sobic006G125500--Sobic010G080700 Sobic004G332400 Sobic004G332400 Sobic006G125500--Sobic004G332400 Sobic007G155500 Sobic007G155500 Sobic006G125500--Sobic007G155500 Sobic005G010900 Sobic005G010900 Sobic006G125500--Sobic005G010900 Sobic003G308500--Sobic003G146600 Sobic003G308500--Sobic006G125500 Sobic003G296900 Sobic003G296900 Sobic003G308500--Sobic003G296900 Sobic003G308500--Sobic006G002800 Sobic004G019200 Sobic004G019200 Sobic003G308500--Sobic004G019200 Sobic003G308500--Sobic002G371600 Sobic003G012000 Sobic003G012000 Sobic003G308500--Sobic003G012000 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic003G308500--Sobic001G145400 Sobic006G245900 Sobic006G245900 Sobic003G308500--Sobic006G245900 Sobic004G224600--Sobic006G002800 Sobic004G224600--Sobic003G146600 Sobic001G376900 Sobic001G376900 Sobic004G224600--Sobic001G376900 Sobic004G224600--Sobic006G125500 Sobic002G235200 Sobic002G235200 Sobic004G224600--Sobic002G235200 Sobic009G246500 Sobic009G246500 Sobic004G224600--Sobic009G246500 Sobic003G042400 Sobic003G042400 Sobic004G224600--Sobic003G042400 Sobic004G224600--Sobic001G145400 Sobic006G086600 Sobic006G086600 Sobic004G224600--Sobic006G086600 Sobic006G002800--Sobic003G308500 Sobic006G002800--Sobic004G224600 Sobic002G150700 Sobic002G150700 Sobic006G002800--Sobic002G150700 Sobic006G002800--Sobic001G145400 Sobic006G002800--Sobic003G146600 Sobic010G007100 Sobic010G007100 Sobic006G002800--Sobic010G007100 Sobic004G321700 Sobic004G321700 Sobic006G002800--Sobic004G321700 Sobic009G234700 Sobic009G234700 Sobic006G002800--Sobic009G234700 Sobic008G147200 Sobic008G147200 Sobic006G002800--Sobic008G147200 Sobic003G146600--Sobic003G308500 Sobic003G146600--Sobic004G224600 Sobic003G146600--Sobic006G002800 Sobic003G146600--Sobic002G235200 Sobic003G146600--Sobic001G145400 Sobic003G146600--Sobic002G150700 Sobic001G065100 Sobic001G065100 Sobic003G146600--Sobic001G065100 Sobic003G039000 Sobic003G039000 Sobic003G146600--Sobic003G039000 Sobic003G146600--Sobic003G012000 Sobic001G373800 Sobic001G373800 Sobic002G371600--Sobic001G373800 Sobic006G029100 Sobic006G029100 Sobic002G371600--Sobic006G029100 Sobic002G371600--Sobic006G245900 Sobic004G356200 Sobic004G356200 Sobic002G371600--Sobic004G356200 Sobic002G371600--Sobic003G308500 Sobic002G160700 Sobic002G160700 Sobic002G371600--Sobic002G160700 Sobic003G052800 Sobic003G052800 Sobic002G371600--Sobic003G052800 Sobic001G451300 Sobic001G451300 Sobic002G371600--Sobic001G451300 Sobic010G262100 Sobic010G262100 Sobic002G371600--Sobic010G262100 Sobic003G375200 Sobic003G375200 Sobic010G080700--Sobic003G375200 Sobic003G221400 Sobic003G221400 Sobic010G080700--Sobic003G221400 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic010G080700--Sobic005G162500 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic010G080700--Sobic002G179400 Sobic010G059500 Sobic010G059500 Sobic010G080700--Sobic010G059500 Sobic001G089600 Sobic001G089600 Sobic010G080700--Sobic001G089600 Sobic008G124800 Sobic008G124800 Sobic010G080700--Sobic008G124800 Sobic004G322400 Sobic004G322400 Sobic010G080700--Sobic004G322400 Sobic004G131300 Sobic004G131300 Sobic010G080700--Sobic004G131300 Sobic006G040800 Sobic006G040800 Sobic004G332400--Sobic006G040800 Sobic008G002500 Sobic008G002500 Sobic004G332400--Sobic008G002500 Sobic004G332400--Sobic004G321700 Sobic009G143800 Sobic009G143800 Sobic004G332400--Sobic009G143800 Sobic003G188400 Sobic003G188400 Sobic004G332400--Sobic003G188400 Sobic002G425500 Sobic002G425500 Sobic004G332400--Sobic002G425500 Sobic001G346900 Sobic001G346900 Sobic004G332400--Sobic001G346900 Sobic004G332400--Sobic008G147200 Sobic004G040200 Sobic004G040200 Sobic004G332400--Sobic004G040200 Sobic003G143800 Sobic003G143800 Sobic007G155500--Sobic003G143800 Sobic010G114900 Sobic010G114900 Sobic007G155500--Sobic010G114900 Sobic001G453000 Sobic001G453000 Sobic007G155500--Sobic001G453000 Sobic007G155500--Sobic006G125500 Sobic006G166200 Sobic006G166200 Sobic007G155500--Sobic006G166200 Sobic008G054600 Sobic008G054600 Sobic007G155500--Sobic008G054600 Sobic007G155500--Sobic002G179400 Sobic005G026400 Sobic005G026400 Sobic007G155500--Sobic005G026400 Sobic007G155500--Sobic008G124800 Sobic004G085000 Sobic004G085000 Sobic005G010900--Sobic004G085000 Sobic005G010900--Sobic001G373800 Sobic005G010900--Sobic010G114900 Sobic004G315500 Sobic004G315500 Sobic005G010900--Sobic004G315500 Sobic003G199300 Sobic003G199300 Sobic005G010900--Sobic003G199300 Sobic005G010900--Sobic002G371600 Sobic008G049100 Sobic008G049100 Sobic005G010900--Sobic008G049100 Sobic005G010900--Sobic006G125500 Sobic003G123100 Sobic003G123100 Sobic005G010900--Sobic003G123100
Octagon: transcription factors


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