Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G472100.1
Synonym FRL2, Sb01g044240
Functional annotation frigida, putative, expressed
UniProt C5WUQ8
Pfam PF07899
Panther DB PTHR31791 PTHR31791:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G31814 : FRIGIDA like 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g09310.1 : frigida, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a001240
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.001G472100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G040900 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed K10601: SYVN1, E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
2 Sobic.009G059400 expressed protein -
3 Sobic.005G198200 F-box/LRR-repeat protein 3, putative, expressed K10268: F-box and leucine-rich repeat protein 2/20
4 Sobic.009G125000 cyclin-dependent kinase C-1, putative, expressed K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
5 Sobic.008G058800 OsFBX369 - F-box domain containing protein, expressed -
6 Sobic.004G345400 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K05757: actin related protein 2/3 complex, subunit 1A/1B
7 Sobic.009G129600 ABTB1 - Armadillo repeats with a Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain, expressed -
8 Sobic.007G139400 OsFBL33 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
9 Sobic.003G354100 expressed protein -
10 Sobic.006G278200 RNA-binding region RNP-1, putative, expressed -
11 Sobic.009G001100 expressed protein -
12 Sobic.006G049100 expressed protein -
13 Sobic.003G311000 histone-lysine N-methyltransferase SUVR3, putative, expressed -
14 Sobic.004G180900 PSP domain containing protein, expressed K13128: zinc finger CCHC domain-containing protein 8
15 Sobic.001G042200 ATP/GTP/Ca++ binding protein, putative, expressed K07870: RHOT1, mitochondrial Rho GTPase 1
16 Sobic.003G304800 OsRhmbd4 - Putative Rhomboid homologue, expressed -
17 Sobic.006G051900 expressed protein -
18 Sobic.007G088900 expressed protein -
19 Sobic.002G089900 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
20 Sobic.010G077500 protein of unknown function DUF1296 domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G472100 Sobic001G472100 Sobic005G040900 Sobic005G040900 Sobic001G472100--Sobic005G040900 Sobic009G059400 Sobic009G059400 Sobic001G472100--Sobic009G059400 Sobic005G198200 Sobic005G198200 Sobic001G472100--Sobic005G198200 Sobic009G125000 Sobic009G125000 Sobic001G472100--Sobic009G125000 Sobic008G058800 Sobic008G058800 Sobic001G472100--Sobic008G058800 Sobic004G345400 Sobic004G345400 Sobic001G472100--Sobic004G345400 Sobic009G129600 Sobic009G129600 Sobic001G472100--Sobic009G129600 Sobic007G139400 Sobic007G139400 Sobic001G472100--Sobic007G139400 Sobic003G354100 Sobic003G354100 Sobic001G472100--Sobic003G354100 Sobic009G040800 Sobic009G040800 Sobic005G040900--Sobic009G040800 Sobic006G091000 Sobic006G091000 Sobic005G040900--Sobic006G091000 Sobic004G347100 Sobic004G347100 Sobic005G040900--Sobic004G347100 Sobic005G040900--Sobic007G139400 Sobic010G074900 Sobic010G074900 Sobic005G040900--Sobic010G074900 Sobic003G205501 Sobic003G205501 Sobic005G040900--Sobic003G205501 Sobic005G040900--Sobic004G345400 Sobic005G040900--Sobic001G472100 Sobic005G040900--Sobic009G129600 Sobic009G017200 Sobic009G017200 Sobic009G059400--Sobic009G017200 Sobic009G059400--Sobic005G198200 Sobic007G218600 Sobic007G218600 Sobic009G059400--Sobic007G218600 Sobic006G144000 Sobic006G144000 Sobic009G059400--Sobic006G144000 Sobic003G393200 Sobic003G393200 Sobic009G059400--Sobic003G393200 Sobic009G059400--Sobic009G125000 Sobic009G059400--Sobic004G345400 Sobic007G148400 Sobic007G148400 Sobic009G059400--Sobic007G148400 Sobic006G224300 Sobic006G224300 Sobic009G059400--Sobic006G224300 Sobic005G198200--Sobic009G059400 Sobic009G113100 Sobic009G113100 Sobic005G198200--Sobic009G113100 Sobic009G137900 Sobic009G137900 Sobic005G198200--Sobic009G137900 Sobic005G072400 Sobic005G072400 Sobic005G198200--Sobic005G072400 Sobic005G198200--Sobic009G017200 Sobic005G198200--Sobic001G472100 Sobic008G111800 Sobic008G111800 Sobic005G198200--Sobic008G111800 Sobic004G180900 Sobic004G180900 Sobic005G198200--Sobic004G180900 Sobic010G077500 Sobic010G077500 Sobic005G198200--Sobic010G077500 Sobic009G125000--Sobic009G059400 Sobic009G125000--Sobic004G345400 Sobic009G125000--Sobic001G472100 Sobic009G125000--Sobic004G180900 Sobic009G125000--Sobic005G040900 Sobic001G042200 Sobic001G042200 Sobic009G125000--Sobic001G042200 Sobic009G125000--Sobic009G040800 Sobic003G062400 Sobic003G062400 Sobic009G125000--Sobic003G062400 Sobic009G125000--Sobic005G198200 Sobic008G058800--Sobic001G042200 Sobic008G058800--Sobic009G129600 Sobic006G248500 Sobic006G248500 Sobic008G058800--Sobic006G248500 Sobic008G058800--Sobic003G205501 Sobic008G058800--Sobic010G077500 Sobic002G264200 Sobic002G264200 Sobic008G058800--Sobic002G264200 Sobic007G026000 Sobic007G026000 Sobic008G058800--Sobic007G026000 Sobic008G127400 Sobic008G127400 Sobic008G058800--Sobic008G127400 Sobic008G058800--Sobic004G180900 Sobic004G345400--Sobic001G042200 Sobic004G345400--Sobic010G077500 Sobic009G249700 Sobic009G249700 Sobic004G345400--Sobic009G249700 Sobic007G042900 Sobic007G042900 Sobic004G345400--Sobic007G042900 Sobic004G345400--Sobic004G180900 Sobic006G186400 Sobic006G186400 Sobic004G345400--Sobic006G186400 Sobic004G084500 Sobic004G084500 Sobic004G345400--Sobic004G084500 Sobic007G056500 Sobic007G056500 Sobic004G345400--Sobic007G056500 Sobic003G394200 Sobic003G394200 Sobic004G345400--Sobic003G394200 Sobic009G129600--Sobic008G058800 Sobic009G129600--Sobic010G077500 Sobic001G346700 Sobic001G346700 Sobic009G129600--Sobic001G346700 Sobic009G129600--Sobic006G248500 Sobic009G129600--Sobic009G040800 Sobic002G063900 Sobic002G063900 Sobic009G129600--Sobic002G063900 Sobic008G100100 Sobic008G100100 Sobic009G129600--Sobic008G100100 Sobic002G357100 Sobic002G357100 Sobic009G129600--Sobic002G357100 Sobic002G148400 Sobic002G148400 Sobic009G129600--Sobic002G148400 Sobic007G139400--Sobic004G347100 Sobic002G033600 Sobic002G033600 Sobic007G139400--Sobic002G033600 Sobic007G188900 Sobic007G188900 Sobic007G139400--Sobic007G188900 Sobic007G139400--Sobic009G040800 Sobic007G088900 Sobic007G088900 Sobic007G139400--Sobic007G088900 Sobic007G139400--Sobic005G040900 Sobic002G334600 Sobic002G334600 Sobic007G139400--Sobic002G334600 Sobic007G139400--Sobic009G129600 Sobic007G139400--Sobic003G354100 Sobic003G433500 Sobic003G433500 Sobic003G354100--Sobic003G433500 Sobic004G013600 Sobic004G013600 Sobic003G354100--Sobic004G013600 Sobic003G132700 Sobic003G132700 Sobic003G354100--Sobic003G132700 Sobic007G117100 Sobic007G117100 Sobic003G354100--Sobic007G117100 Sobic003G354100--Sobic007G188900 Sobic003G354100--Sobic007G139400 Sobic006G092800 Sobic006G092800 Sobic003G354100--Sobic006G092800 Sobic003G354100--Sobic006G248500 Sobic003G354100--Sobic009G129600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.