Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G006300.1
Synonym Sb02g000760
Functional annotation expressed protein
UniProt C5X773
Pfam -
Panther DB PTHR36808
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G53930 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g01720.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a044867
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G064070.4 , HORVU2Hr1G064070.3 , HORVU2Hr1G064070.2 , HORVU2Hr1G064070.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G401000 adaptin, putative, expressed K12400: AP-4 complex subunit epsilon-1
2 Sobic.003G187400 - K12823: DDX5, ATP-dependent RNA helicase DDX5/DBP2
3 Sobic.007G118600 mitochondrial carrier protein, putative, expressed K15119: solute carrier family 25, member 39/40
4 Sobic.009G126400 glycine-rich protein, putative, expressed K14845: RAI1, RAT1-interacting protein
5 Sobic.005G045300 PX domain containing protein, putative, expressed K17925: sorting nexin-13
6 Sobic.005G149500 palmitoyltransferase TIP1, putative, expressed K18932: palmitoyltransferase
7 Sobic.002G370900 OsPOP16 - Putative Prolyl Oligopeptidase homologue, expressed K06889: uncharacterized protein
8 Sobic.002G158700 TATA binding protein-associated factor, putative, expressed K03131: transcription initiation factor TFIID subunit 6
9 Sobic.001G155000 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2, putative, expressed K03010: RPB2, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
10 Sobic.009G040700 "OsPPKL2(Ortholog in rice:Zhan et al., 2012)"(PubMedID : 31659919)@serine/threonine protein phosphatase, putative, expressed K01090: protein phosphatase
11 Sobic.006G028200 glycine-rich protein, putative, expressed -
12 Sobic.007G061700 vacuolar protein sorting-associated protein 18, putative, expressed -
13 Sobic.008G078100 EDM2, putative, expressed -
14 Sobic.001G222500 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K14442: DHX36, ATP-dependent RNA helicase DHX36
15 Sobic.004G067700 BRCA1-associated protein, putative, expressed K10632: BRCA1-associated protein
16 Sobic.001G477800 expressed protein -
17 Sobic.008G054500 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed -
18 Sobic.008G042600 N-acetylglucosaminyltransferase I, putative, expressed K00726: alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase
19 Sobic.006G082900 expressed protein -
20 Sobic.003G445400 vacuolar fusion protein MON1 homolog A, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G006300 Sobic002G006300 Sobic003G401000 Sobic003G401000 Sobic002G006300--Sobic003G401000 Sobic003G187400 Sobic003G187400 Sobic002G006300--Sobic003G187400 Sobic007G118600 Sobic007G118600 Sobic002G006300--Sobic007G118600 Sobic009G126400 Sobic009G126400 Sobic002G006300--Sobic009G126400 Sobic005G045300 Sobic005G045300 Sobic002G006300--Sobic005G045300 Sobic005G149500 Sobic005G149500 Sobic002G006300--Sobic005G149500 Sobic002G370900 Sobic002G370900 Sobic002G006300--Sobic002G370900 Sobic002G158700 Sobic002G158700 Sobic002G006300--Sobic002G158700 Sobic001G155000 Sobic001G155000 Sobic002G006300--Sobic001G155000 Sobic003G401000--Sobic002G158700 Sobic003G401000--Sobic003G187400 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic003G401000--Sobic002G157300 Sobic009G257800 Sobic009G257800 Sobic003G401000--Sobic009G257800 Sobic003G401000--Sobic001G155000 Sobic009G040700 Sobic009G040700 Sobic003G401000--Sobic009G040700 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic003G401000--Sobic001G094000 Sobic006G028200 Sobic006G028200 Sobic003G401000--Sobic006G028200 Sobic003G008500 Sobic003G008500 Sobic003G401000--Sobic003G008500 Sobic003G187400--Sobic002G157300 Sobic003G187400--Sobic005G149500 Sobic003G187400--Sobic009G040700 Sobic003G187400--Sobic001G094000 Sobic006G173100 Sobic006G173100 Sobic003G187400--Sobic006G173100 Sobic006G060100 Sobic006G060100 Sobic003G187400--Sobic006G060100 Sobic003G187400--Sobic003G401000 Sobic004G196700 Sobic004G196700 Sobic003G187400--Sobic004G196700 Sobic007G104800 Sobic007G104800 Sobic003G187400--Sobic007G104800 Sobic001G512700 Sobic001G512700 Sobic007G118600--Sobic001G512700 Sobic007G217000 Sobic007G217000 Sobic007G118600--Sobic007G217000 Sobic007G118600--Sobic003G187400 Sobic004G021100 Sobic004G021100 Sobic007G118600--Sobic004G021100 Sobic008G047800 Sobic008G047800 Sobic007G118600--Sobic008G047800 Sobic007G118600--Sobic006G173100 Sobic007G118600--Sobic001G155000 Sobic004G067700 Sobic004G067700 Sobic007G118600--Sobic004G067700 Sobic007G118600--Sobic005G045300 Sobic003G052200 Sobic003G052200 Sobic009G126400--Sobic003G052200 Sobic009G040600 Sobic009G040600 Sobic009G126400--Sobic009G040600 Sobic009G126400--Sobic008G047800 Sobic003G280800 Sobic003G280800 Sobic009G126400--Sobic003G280800 Sobic001G222500 Sobic001G222500 Sobic009G126400--Sobic001G222500 Sobic008G162900 Sobic008G162900 Sobic009G126400--Sobic008G162900 Sobic007G096000 Sobic007G096000 Sobic009G126400--Sobic007G096000 Sobic004G208900 Sobic004G208900 Sobic009G126400--Sobic004G208900 Sobic002G309600 Sobic002G309600 Sobic009G126400--Sobic002G309600 Sobic005G045300--Sobic001G512700 Sobic003G408500 Sobic003G408500 Sobic005G045300--Sobic003G408500 Sobic010G129200 Sobic010G129200 Sobic005G045300--Sobic010G129200 Sobic003G445400 Sobic003G445400 Sobic005G045300--Sobic003G445400 Sobic009G166300 Sobic009G166300 Sobic005G045300--Sobic009G166300 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic005G045300--Sobic004G031700 Sobic006G128900 Sobic006G128900 Sobic005G045300--Sobic006G128900 Sobic002G006900 Sobic002G006900 Sobic005G045300--Sobic002G006900 Sobic008G024600 Sobic008G024600 Sobic005G045300--Sobic008G024600 Sobic005G149500--Sobic003G187400 Sobic005G149500--Sobic002G157300 Sobic005G149500--Sobic009G040700 Sobic005G149500--Sobic004G196700 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic005G149500--Sobic007G011400 Sobic005G149500--Sobic006G060100 Sobic007G185900 Sobic007G185900 Sobic005G149500--Sobic007G185900 Sobic007G137900 Sobic007G137900 Sobic005G149500--Sobic007G137900 Sobic007G078000 Sobic007G078000 Sobic005G149500--Sobic007G078000 Sobic001G176200 Sobic001G176200 Sobic002G370900--Sobic001G176200 Sobic006G082900 Sobic006G082900 Sobic002G370900--Sobic006G082900 Sobic002G370900--Sobic004G067700 Sobic002G370900--Sobic006G173100 Sobic002G370900--Sobic003G008500 Sobic002G260400 Sobic002G260400 Sobic002G370900--Sobic002G260400 Sobic002G310200 Sobic002G310200 Sobic002G370900--Sobic002G310200 Sobic002G197100 Sobic002G197100 Sobic002G370900--Sobic002G197100 Sobic004G345700 Sobic004G345700 Sobic002G370900--Sobic004G345700 Sobic002G158700--Sobic003G401000 Sobic001G464200 Sobic001G464200 Sobic002G158700--Sobic001G464200 Sobic001G167200 Sobic001G167200 Sobic002G158700--Sobic001G167200 Sobic002G158700--Sobic004G031700 Sobic002G158700--Sobic003G445400 Sobic007G000800 Sobic007G000800 Sobic002G158700--Sobic007G000800 Sobic007G061700 Sobic007G061700 Sobic002G158700--Sobic007G061700 Sobic008G149800 Sobic008G149800 Sobic002G158700--Sobic008G149800 Sobic002G396000 Sobic002G396000 Sobic002G158700--Sobic002G396000 Sobic001G155000--Sobic008G047800 Sobic001G155000--Sobic002G006900 Sobic003G200200 Sobic003G200200 Sobic001G155000--Sobic003G200200 Sobic001G155000--Sobic009G040600 Sobic001G155000--Sobic001G222500 Sobic007G011300 Sobic007G011300 Sobic001G155000--Sobic007G011300 Sobic008G153000 Sobic008G153000 Sobic001G155000--Sobic008G153000 Sobic010G053800 Sobic010G053800 Sobic001G155000--Sobic010G053800 Sobic001G155000--Sobic007G217000
Octagon: transcription factors


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