Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G275800.1,Sobic.003G275800.5,Sobic.003G275800.4,Sobic.003G275800.3,Sobic.003G275800.2
Synonym Sb03g032780
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XI97
Pfam -
Panther DB PTHR33414 PTHR33414:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G20610 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g51640.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a026379 , Zm00025a038964 , Zm00025a047287 , Zm00025a004476 , Zm00025a027797 , Zm00025a026608
Brachypodium PNT72703 , PNT72704 , KQK09454
Barley HORVU3Hr1G067440.1
Wheat TraesCS3B02G277400 , TraesCS3D02G248600 , TraesCS3D02G248600
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G010900 esterase, putative, expressed -
2 Sobic.001G488100 OsNucAP1 - Putative Nucleoporin Autopeptidase homologue, expressed K14297: NUP98, ADAR2, nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
3 Sobic.001G456800 nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase, putative, expressed -
4 Sobic.006G188500 uncharacterized mscS family protein, putative, expressed -
5 Sobic.008G125000 AP-3 complex subunit delta, putative, expressed K12396: AP-3 complex subunit delta
6 Sobic.001G462600 retinoblastoma-binding protein-like, putative, expressed K14961: RBBP5, SWD1, COMPASS component SWD1
7 Sobic.001G023800 expressed protein -
8 Sobic.002G318600 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.001G008500 metallo-beta-lactamase, putative, expressed K14403: CPSF3, cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
10 Sobic.006G221400 expressed protein -
11 Sobic.001G115500 importin-alpha re-exporter, putative, expressed K18423: CSE1, CAS, exportin-2 (importin alpha re-exporter)
12 Sobic.008G024800 histidine triad family protein, putative, expressed K01522: bis(5'-adenosyl)-triphosphatase
13 Sobic.004G047200 T-complex protein, putative, expressed K09499: T-complex protein 1 subunit eta
14 Sobic.002G405500 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11841: USP10, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
15 Sobic.001G373000 nucleoporin interacting component, putative, expressed K14309: NUP93, nuclear pore complex protein Nup93
16 Sobic.003G307900 BSD domain containing protein, expressed -
17 Sobic.006G245700 COP9 signalosome complex subunit 5b, putative, expressed K09613: COPS5, COP9 signalosome complex subunit 5
18 Sobic.009G057200 acyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial precursor, putative, expressed K00232: E1.3.3.6, ACOX1, acyl-CoA oxidase
19 Sobic.010G176500 expressed protein -
20 Sobic.009G176700 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G275800 Sobic003G275800 Sobic007G010900 Sobic007G010900 Sobic003G275800--Sobic007G010900 Sobic001G488100 Sobic001G488100 Sobic003G275800--Sobic001G488100 Sobic001G456800 Sobic001G456800 Sobic003G275800--Sobic001G456800 Sobic006G188500 Sobic006G188500 Sobic003G275800--Sobic006G188500 Sobic008G125000 Sobic008G125000 Sobic003G275800--Sobic008G125000 Sobic001G462600 Sobic001G462600 Sobic003G275800--Sobic001G462600 Sobic001G023800 Sobic001G023800 Sobic003G275800--Sobic001G023800 Sobic002G318600 Sobic002G318600 Sobic003G275800--Sobic002G318600 Sobic001G008500 Sobic001G008500 Sobic003G275800--Sobic001G008500 Sobic009G105900 Sobic009G105900 Sobic007G010900--Sobic009G105900 Sobic007G010900--Sobic008G125000 Sobic003G307900 Sobic003G307900 Sobic007G010900--Sobic003G307900 Sobic004G047200 Sobic004G047200 Sobic007G010900--Sobic004G047200 Sobic001G373000 Sobic001G373000 Sobic007G010900--Sobic001G373000 Sobic006G056200 Sobic006G056200 Sobic007G010900--Sobic006G056200 Sobic008G013300 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Octagon: transcription factors


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