Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G237700.1,Sobic.004G237700.2
Synonym Sb04g028000
Functional annotation N-rich protein, putative, expressed
UniProt A0A194YRE3
Pfam PF10539
Panther DB PTHR10857 PTHR10857:SF12
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G61910 : DCD (Development and Cell Death) domain protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g51140.1 : N-rich protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a033205 , Zm00025a022033
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.004G237700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G098400 rRNA-processing protein EBP2, putative, expressed K14823: EBP2, rRNA-processing protein EBP2
2 Sobic.010G061100 DUF292 domain containing protein, expressed -
3 Sobic.004G043200 expressed protein -
4 Sobic.006G122900 expressed protein K15360: STRA13, CENPX, centromere protein X
5 Sobic.003G037900 ZOS3-23 - C2H2 zinc finger protein, expressed K12848: U4/U6.U5 tri-snRNP component SNU23
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7 Sobic.004G109500 - -
8 Sobic.009G088401 - -
9 Sobic.002G140900 splicing factor, putative, expressed K12849: pre-mRNA-splicing factor 38A
10 Sobic.003G284500 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, putative, expressed K15139: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
11 Sobic.006G197600 RING-H2 finger protein ATL5G, putative, expressed -
12 Sobic.004G241700 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
13 Sobic.010G027800 Brix domain containing protein, putative, expressed K14846: ribosome production factor 1
14 Sobic.007G072400 phosphoribosyl transferase, putative, expressed -
15 Sobic.008G050100 SAP domain containing protein, expressed -
16 Sobic.004G310700 glutaredoxin 2, putative, expressed -
17 Sobic.006G248700 AAA-type ATPase family protein, putative, expressed -
18 Sobic.003G396300 PPR repeat containing protein, expressed -
19 Sobic.002G098701 - -
20 Sobic.007G124000 programmed cell death protein 2, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G237700 Sobic004G237700 Sobic010G098400 Sobic010G098400 Sobic004G237700--Sobic010G098400 Sobic010G061100 Sobic010G061100 Sobic004G237700--Sobic010G061100 Sobic004G043200 Sobic004G043200 Sobic004G237700--Sobic004G043200 Sobic006G122900 Sobic006G122900 Sobic004G237700--Sobic006G122900 Sobic003G037900 Sobic003G037900 Sobic004G237700--Sobic003G037900 Sobic009G125600 Sobic009G125600 Sobic004G237700--Sobic009G125600 Sobic004G109500 Sobic004G109500 Sobic004G237700--Sobic004G109500 Sobic009G088401 Sobic009G088401 Sobic004G237700--Sobic009G088401 Sobic002G140900 Sobic002G140900 Sobic004G237700--Sobic002G140900 Sobic003G396300 Sobic003G396300 Sobic010G098400--Sobic003G396300 Sobic001G345000 Sobic001G345000 Sobic010G098400--Sobic001G345000 Sobic004G241700 Sobic004G241700 Sobic010G098400--Sobic004G241700 Sobic006G034100 Sobic006G034100 Sobic010G098400--Sobic006G034100 Sobic007G222900 Sobic007G222900 Sobic010G098400--Sobic007G222900 Sobic001G375300 Sobic001G375300 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Octagon: transcription factors


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