Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G095500.1
Synonym
Functional annotation pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PL37
Pfam PF12854 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF836
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G09900 : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g57410.2 : pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a019554 , Zm00025a011209
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G078400.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G039700 rhoGAP domain containing protein, expressed -
2 Sobic.004G312800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tyrosine phosphatase family protein, putative, expressed K18045: SIW14, tyrosine-protein phosphatase SIW14
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10 Sobic.002G028400 mTERF domain containing protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial
11 Sobic.004G202200 elongation factor Tu, putative, expressed K02358: tuf, elongation factor Tu
12 Sobic.006G176000 expressed protein -
13 Sobic.004G303100 expressed protein -
14 Sobic.001G011400 CRAL/TRIO domain containing protein, expressed -
15 Sobic.001G134800 integral membrane HPP family protein, putative, expressed -
16 Sobic.004G284001 - -
17 Sobic.003G372400 amidophosphoribosyltransferase, chloroplast precursor, putative, expressed K00764: purF, amidophosphoribosyltransferase
18 Sobic.003G260100 - -
19 Sobic.001G134700 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain containing protein, expressed K02639: ferredoxin
20 Sobic.001G244700 RIO1 family protein, expressed K08851: TP53RK, PRPK, TP53 regulating kinase and related kinases


Gene co-expression network
sample Sobic006G095500 Sobic006G095500 Sobic005G039700 Sobic005G039700 Sobic006G095500--Sobic005G039700 Sobic004G312800 Sobic004G312800 Sobic006G095500--Sobic004G312800 Sobic002G219300 Sobic002G219300 Sobic006G095500--Sobic002G219300 Sobic010G173400 Sobic010G173400 Sobic006G095500--Sobic010G173400 Sobic003G042900 Sobic003G042900 Sobic006G095500--Sobic003G042900 Sobic002G402700 Sobic002G402700 Sobic006G095500--Sobic002G402700 Sobic007G005900 Sobic007G005900 Sobic006G095500--Sobic007G005900 Sobic003G154300 Sobic003G154300 Sobic006G095500--Sobic003G154300 Sobic002G133900 Sobic002G133900 Sobic006G095500--Sobic002G133900 Sobic005G039700--Sobic002G219300 Sobic005G039700--Sobic004G312800 Sobic005G039700--Sobic002G402700 Sobic003G391600 Sobic003G391600 Sobic005G039700--Sobic003G391600 Sobic005G039700--Sobic003G042900 Sobic005G039700--Sobic010G173400 Sobic002G314400 Sobic002G314400 Sobic005G039700--Sobic002G314400 Sobic002G183900 Sobic002G183900 Sobic005G039700--Sobic002G183900 Sobic001G011400 Sobic001G011400 Sobic005G039700--Sobic001G011400 Sobic004G312800--Sobic002G183900 Sobic009G210200 Sobic009G210200 Sobic004G312800--Sobic009G210200 Sobic004G303200 Sobic004G303200 Sobic004G312800--Sobic004G303200 Sobic006G235350 Sobic006G235350 Sobic004G312800--Sobic006G235350 Sobic004G312800--Sobic005G039700 Sobic002G405100 Sobic002G405100 Sobic004G312800--Sobic002G405100 Sobic004G312800--Sobic002G133900 Sobic009G140300 Sobic009G140300 Sobic004G312800--Sobic009G140300 Sobic004G331700 Sobic004G331700 Sobic004G312800--Sobic004G331700 Sobic002G219300--Sobic003G042900 Sobic006G093100 Sobic006G093100 Sobic002G219300--Sobic006G093100 Sobic002G196600 Sobic002G196600 Sobic002G219300--Sobic002G196600 Sobic004G215800 Sobic004G215800 Sobic002G219300--Sobic004G215800 Sobic002G219300--Sobic010G173400 Sobic002G404800 Sobic002G404800 Sobic002G219300--Sobic002G404800 Sobic002G390100 Sobic002G390100 Sobic002G219300--Sobic002G390100 Sobic004G165500 Sobic004G165500 Sobic002G219300--Sobic004G165500 Sobic002G219300--Sobic005G039700 Sobic010G173400--Sobic003G042900 Sobic010G173400--Sobic001G011400 Sobic003G409700 Sobic003G409700 Sobic010G173400--Sobic003G409700 Sobic008G129900 Sobic008G129900 Sobic010G173400--Sobic008G129900 Sobic008G033000 Sobic008G033000 Sobic010G173400--Sobic008G033000 Sobic010G173400--Sobic002G404800 Sobic010G173400--Sobic002G402700 Sobic010G173400--Sobic002G219300 Sobic001G073300 Sobic001G073300 Sobic010G173400--Sobic001G073300 Sobic003G042900--Sobic002G404800 Sobic003G042900--Sobic002G390100 Sobic003G042900--Sobic001G073300 Sobic009G256100 Sobic009G256100 Sobic003G042900--Sobic009G256100 Sobic003G042900--Sobic004G165500 Sobic010G104800 Sobic010G104800 Sobic003G042900--Sobic010G104800 Sobic003G042900--Sobic004G215800 Sobic003G042900--Sobic008G033000 Sobic003G042900--Sobic008G129900 Sobic002G402700--Sobic008G033000 Sobic002G402700--Sobic008G129900 Sobic001G217900 Sobic001G217900 Sobic002G402700--Sobic001G217900 Sobic002G206300 Sobic002G206300 Sobic002G402700--Sobic002G206300 Sobic001G504400 Sobic001G504400 Sobic002G402700--Sobic001G504400 Sobic005G001700 Sobic005G001700 Sobic002G402700--Sobic005G001700 Sobic001G540600 Sobic001G540600 Sobic002G402700--Sobic001G540600 Sobic010G231300 Sobic010G231300 Sobic002G402700--Sobic010G231300 Sobic001G378100 Sobic001G378100 Sobic002G402700--Sobic001G378100 Sobic005G206400 Sobic005G206400 Sobic007G005900--Sobic005G206400 Sobic007G044700 Sobic007G044700 Sobic007G005900--Sobic007G044700 Sobic006G176000 Sobic006G176000 Sobic007G005900--Sobic006G176000 Sobic005G223925 Sobic005G223925 Sobic007G005900--Sobic005G223925 Sobic005G223600 Sobic005G223600 Sobic007G005900--Sobic005G223600 Sobic005G221900 Sobic005G221900 Sobic007G005900--Sobic005G221900 Sobic005G211600 Sobic005G211600 Sobic007G005900--Sobic005G211600 Sobic003G435900 Sobic003G435900 Sobic007G005900--Sobic003G435900 Sobic002G027232 Sobic002G027232 Sobic007G005900--Sobic002G027232 Sobic002G056500 Sobic002G056500 Sobic003G154300--Sobic002G056500 Sobic003G154300--Sobic006G093100 Sobic003G154300--Sobic008G129900 Sobic003G154300--Sobic002G402700 Sobic003G154300--Sobic010G173400 Sobic003G154300--Sobic010G231300 Sobic003G154300--Sobic008G033000 Sobic001G483300 Sobic001G483300 Sobic003G154300--Sobic001G483300 Sobic003G154300--Sobic004G215800 Sobic003G070900 Sobic003G070900 Sobic002G133900--Sobic003G070900 Sobic003G094350 Sobic003G094350 Sobic002G133900--Sobic003G094350 Sobic003G287900 Sobic003G287900 Sobic002G133900--Sobic003G287900 Sobic002G133900--Sobic002G405100 Sobic004G353100 Sobic004G353100 Sobic002G133900--Sobic004G353100 Sobic005G100300 Sobic005G100300 Sobic002G133900--Sobic005G100300 Sobic002G028400 Sobic002G028400 Sobic002G133900--Sobic002G028400 Sobic007G103400 Sobic007G103400 Sobic002G133900--Sobic007G103400 Sobic009G170200 Sobic009G170200 Sobic002G133900--Sobic009G170200
Octagon: transcription factors


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