Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G123900.2,Sobic.006G123900.1
Synonym Sb06g020410
Functional annotation chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplast precursor, putative, expressed
UniProt C5YAU4 , C5YAU1
Pfam PF01985
Panther DB PTHR31426 PTHR31426:SF3
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003723; RNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G13070 : RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g20030.1 : chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplast precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a056321
Brachypodium KQK18506
Barley -
Wheat TraesCS7B02G128100 , TraesCS7A02G219200 , TraesCS7A02G219200 , TraesCS7D02G222900 , TraesCS7D02G222900
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.006G123900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G106000 eukaryotic translation initiation factor 5B, putative, expressed K03243: translation initiation factor 5B
2 Sobic.002G001600 MBTB12 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
3 Sobic.005G059100 bromodomain domain containing protein, expressed -
4 Sobic.002G313300 bromodomain domain containing protein, expressed -
5 Sobic.006G013500 hydrolase/ zinc ion binding protein, putative, expressed K15442: TAD3, tRNA-specific adenosine deaminase 3
6 Sobic.008G129700 PAPA-1-like conserved region family protein, expressed K11666: INO80B, ZNHIT4, INO80 complex subunit B
7 Sobic.006G080300 SET domain containing protein, expressed -
8 Sobic.007G185900 IBR domain containing protein, putative, expressed K11968: ariadne-1
9 Sobic.002G151600 R-interacting factor 1, putative, expressed -
10 Sobic.001G477800 expressed protein -
11 Sobic.001G543900 H(+)-ATPase 7(PubMedID : 26320239)@E1-E2 ATPase domain containing protein, expressed K01535: PMA1, H+-transporting ATPase
12 Sobic.002G077200 expressed protein -
13 Sobic.008G078100 EDM2, putative, expressed -
14 Sobic.008G165100 G-patch domain containing protein, putative, expressed K13103: tuftelin-interacting protein 11
15 Sobic.001G206100 expressed protein -
16 Sobic.004G031700 expressed protein -
17 Sobic.010G194700 ARID/BRIGHT DNA-binding domain-containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.001G257300 OsFBL52 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
19 Sobic.009G000500 pex14, putative, expressed K13343: peroxin-14
20 Sobic.007G043500 DNA topoisomerase 1, putative, expressed K03163: DNA topoisomerase I


Gene co-expression network
sample Sobic006G123900 Sobic006G123900 Sobic008G106000 Sobic008G106000 Sobic006G123900--Sobic008G106000 Sobic002G001600 Sobic002G001600 Sobic006G123900--Sobic002G001600 Sobic005G059100 Sobic005G059100 Sobic006G123900--Sobic005G059100 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic006G123900--Sobic002G313300 Sobic006G013500 Sobic006G013500 Sobic006G123900--Sobic006G013500 Sobic008G129700 Sobic008G129700 Sobic006G123900--Sobic008G129700 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic006G123900--Sobic006G080300 Sobic007G185900 Sobic007G185900 Sobic006G123900--Sobic007G185900 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic006G123900--Sobic002G151600 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic008G106000--Sobic001G543900 Sobic008G106000--Sobic002G001600 Sobic008G106000--Sobic006G123900 Sobic008G106000--Sobic002G313300 Sobic008G106000--Sobic007G185900 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic008G106000--Sobic002G330400 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic008G106000--Sobic006G009400 Sobic008G116500 Sobic008G116500 Sobic008G106000--Sobic008G116500 Sobic002G077200 Sobic002G077200 Sobic008G106000--Sobic002G077200 Sobic002G001600--Sobic008G116500 Sobic002G001600--Sobic001G543900 Sobic002G001600--Sobic002G313300 Sobic008G101800 Sobic008G101800 Sobic002G001600--Sobic008G101800 Sobic002G001600--Sobic007G185900 Sobic002G166700 Sobic002G166700 Sobic002G001600--Sobic002G166700 Sobic002G001600--Sobic008G106000 Sobic007G037100 Sobic007G037100 Sobic002G001600--Sobic007G037100 Sobic002G166600 Sobic002G166600 Sobic002G001600--Sobic002G166600 Sobic007G043500 Sobic007G043500 Sobic005G059100--Sobic007G043500 Sobic007G026000 Sobic007G026000 Sobic005G059100--Sobic007G026000 Sobic005G059100--Sobic006G123900 Sobic002G067800 Sobic002G067800 Sobic005G059100--Sobic002G067800 Sobic010G194700 Sobic010G194700 Sobic005G059100--Sobic010G194700 Sobic005G059100--Sobic006G080300 Sobic005G059100--Sobic007G185900 Sobic001G206100 Sobic001G206100 Sobic005G059100--Sobic001G206100 Sobic002G159200 Sobic002G159200 Sobic005G059100--Sobic002G159200 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic002G313300--Sobic001G477800 Sobic002G313300--Sobic002G077200 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic002G313300--Sobic007G011400 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic002G313300--Sobic010G263800 Sobic002G313300--Sobic001G543900 Sobic002G313300--Sobic006G080300 Sobic002G313300--Sobic006G009400 Sobic002G313300--Sobic007G185900 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic002G313300--Sobic004G031700 Sobic006G013500--Sobic001G206100 Sobic001G257300 Sobic001G257300 Sobic006G013500--Sobic001G257300 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic006G013500--Sobic001G306900 Sobic006G013500--Sobic006G080300 Sobic006G013500--Sobic004G031700 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic006G013500--Sobic009G000500 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic006G013500--Sobic003G197800 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic006G013500--Sobic001G094000 Sobic006G046700 Sobic006G046700 Sobic006G013500--Sobic006G046700 Sobic003G336800 Sobic003G336800 Sobic008G129700--Sobic003G336800 Sobic004G061900 Sobic004G061900 Sobic008G129700--Sobic004G061900 Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic008G129700--Sobic002G061400 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic008G129700--Sobic008G117200 Sobic002G177400 Sobic002G177400 Sobic008G129700--Sobic002G177400 Sobic008G129700--Sobic007G185900 Sobic008G078100 Sobic008G078100 Sobic008G129700--Sobic008G078100 Sobic003G248500 Sobic003G248500 Sobic008G129700--Sobic003G248500 Sobic004G088400 Sobic004G088400 Sobic008G129700--Sobic004G088400 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic006G080300--Sobic003G268300 Sobic006G080300--Sobic004G031700 Sobic006G080300--Sobic001G094000 Sobic006G080300--Sobic001G477800 Sobic006G080300--Sobic002G313300 Sobic006G080300--Sobic001G206100 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic006G080300--Sobic002G157000 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic006G080300--Sobic003G170100 Sobic006G080300--Sobic001G257300 Sobic004G196700 Sobic004G196700 Sobic007G185900--Sobic004G196700 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic007G185900--Sobic002G157300 Sobic007G078000 Sobic007G078000 Sobic007G185900--Sobic007G078000 Sobic010G260500 Sobic010G260500 Sobic007G185900--Sobic010G260500 Sobic007G185900--Sobic002G313300 Sobic008G054500 Sobic008G054500 Sobic007G185900--Sobic008G054500 Sobic003G397800 Sobic003G397800 Sobic007G185900--Sobic003G397800 Sobic005G149500 Sobic005G149500 Sobic007G185900--Sobic005G149500 Sobic003G187400 Sobic003G187400 Sobic007G185900--Sobic003G187400 Sobic002G151600--Sobic002G157000 Sobic002G151600--Sobic003G197800 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic002G151600--Sobic002G320500 Sobic002G151600--Sobic002G313300 Sobic002G151600--Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic001G094000 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic002G151600--Sobic009G065100 Sobic002G248400 Sobic002G248400 Sobic002G151600--Sobic002G248400 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic002G151600--Sobic001G303675
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.