Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G046500.6,Sobic.007G046500.3,Sobic.007G046500.4,Sobic.007G046500.5,Sobic.007G046500.2,Sobic.007G046500.1
Synonym Sb07g003840
Functional annotation 60S ribosomal protein L18a-1, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R835 , A0A1Z5R907 , A0A1B6PFL5 , C5YH09 , A0A1Z5R857 , A0A1Z5R816
Pfam -
Panther DB PTHR10052 PTHR10052:SF13
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G17080 : Ribosomal protein L18ae family
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g25294.1 : 60S ribosomal protein L18a-1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a042395
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.007G046500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G080300 peptidase, putative, expressed K01436: amidohydrolase
2 Sobic.002G281800 expressed protein -
3 Sobic.008G000400 GHMP kinases ATP-binding protein, putative, expressed K16190: glucuronokinase
4 Sobic.001G043800 stage II sporulation protein E, putative, expressed -
5 Sobic.001G078400 OsSigP2 - Putative Type I Signal Peptidase homologue@ employs a putative Ser/Lys catalytic dyad, expressed K03100: signal peptidase I
6 Sobic.002G167500 expressed protein -
7 Sobic.008G072700 expressed protein -
8 Sobic.002G404200 F-box domain containing protein, expressed -
9 Sobic.003G439100 mitochondrial carrier protein, putative, expressed -
10 Sobic.002G128900 thioesterase family protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G053000 small multi-drug export protein, putative, expressed -
12 Sobic.010G100800 alpha-mannosidase 2, putative, expressed K01231: alpha-mannosidase II
13 Sobic.007G029700 BTBN17 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with non-phototropic hypocotyl 3 NPH3 and coiled-coil domains, expressed -
14 Sobic.002G142066 - K18045: SIW14, tyrosine-protein phosphatase SIW14
15 Sobic.006G130800 transporter family protein, putative, expressed K08150: SLC2A13, MFS transporter, SP family, solute carrier family 2 (myo-inositol transporter), member 13
16 Sobic.007G208300 peptidase, putative, expressed K14677: aminoacylase
17 Sobic.001G250700 expressed protein -
18 Sobic.001G462200 mannose-1-phosphate guanyltransferase, putative, expressed K00966: mannose-1-phosphate guanylyltransferase
19 Sobic.001G006400 DANA2, putative, expressed -
20 Sobic.001G295300 peptide methionine sulfoxide reductase, putative, expressed K07304: peptide-methionine (S)-S-oxide reductase


Gene co-expression network
sample Sobic007G046500 Sobic007G046500 Sobic010G080300 Sobic010G080300 Sobic007G046500--Sobic010G080300 Sobic002G281800 Sobic002G281800 Sobic007G046500--Sobic002G281800 Sobic008G000400 Sobic008G000400 Sobic007G046500--Sobic008G000400 Sobic001G043800 Sobic001G043800 Sobic007G046500--Sobic001G043800 Sobic001G078400 Sobic001G078400 Sobic007G046500--Sobic001G078400 Sobic002G167500 Sobic002G167500 Sobic007G046500--Sobic002G167500 Sobic008G072700 Sobic008G072700 Sobic007G046500--Sobic008G072700 Sobic002G404200 Sobic002G404200 Sobic007G046500--Sobic002G404200 Sobic003G439100 Sobic003G439100 Sobic007G046500--Sobic003G439100 Sobic010G080300--Sobic002G281800 Sobic008G193300 Sobic008G193300 Sobic010G080300--Sobic008G193300 Sobic003G125400 Sobic003G125400 Sobic010G080300--Sobic003G125400 Sobic010G080300--Sobic007G046500 Sobic008G063200 Sobic008G063200 Sobic010G080300--Sobic008G063200 Sobic008G144800 Sobic008G144800 Sobic010G080300--Sobic008G144800 Sobic005G072200 Sobic005G072200 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Octagon: transcription factors


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