Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G088809.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt C6JRM4 , A0A1Z5R6D9 , A0A125QUJ7
Pfam PF13920
Panther DB PTHR24202
NCBI CDD KOG4172; Predicted E3 ubiquitin ligase
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G14420 : RING domain ligase2
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g19030.1 : copine, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024905
Brachypodium KQJ91668
Barley -
Wheat TraesCS5D02G122000 , TraesCS5A02G103800 , TraesCS5B02G111900
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G088806 - K16280: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG
2 Sobic.005G061801 - -
3 Sobic.009G213500 NAP domain containing protein, putative, expressed K11279: NAP1L1, nucleosome assembly protein 1-like 1
4 Sobic.009G139900 rab GDP dissociation inhibitor alpha, putative, expressed K17255: Rab GDP dissociation inhibitor
5 Sobic.001G431000 Sel1 repeat domain containing protein, putative, expressed K14026: SEL1, SEL1 protein
6 Sobic.001G251100 endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing protein, expressed K12603: CNOT6, CCR4-NOT transcription complex subunit 6
7 Sobic.001G049500 - K11594: DDX3X, ATP-dependent RNA helicase DDX3X
8 Sobic.002G083900 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K12881: THOC4, THO complex subunit 4
9 Sobic.009G002300 expressed protein -
10 Sobic.008G053300 CAMK_CAMK_like.45 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K13412: calcium-dependent protein kinase
11 Sobic.002G256700 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11844: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16/45
12 Sobic.009G143700 no apical meristem protein, putative, expressed -
13 Sobic.001G333100 U-box domain-containing protein, putative, expressed K10597: UBE4B, ubiquitin conjugation factor E4 B
14 Sobic.003G167900 oxidoreductase, 2OG-Fe oxygenase family protein, putative, expressed -
15 Sobic.009G105800 FHA domain containing protein, putative, expressed K13108: smad nuclear-interacting protein 1
16 Sobic.002G166300 peroxin-3 family protein, putative, expressed K13336: peroxin-3
17 Sobic.003G110000 TBC domain containing protein, expressed -
18 Sobic.001G355800 methyltransferase, putative, expressed -
19 Sobic.002G131500 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
20 Sobic.003G404300 expressed protein K11368: ENY2, DC6, enhancer of yellow 2 transcription factor


Gene co-expression network
sample Sobic008G088809 Sobic008G088809 Sobic008G088806 Sobic008G088806 Sobic008G088809--Sobic008G088806 Sobic005G061801 Sobic005G061801 Sobic008G088809--Sobic005G061801 Sobic009G213500 Sobic009G213500 Sobic008G088809--Sobic009G213500 Sobic009G139900 Sobic009G139900 Sobic008G088809--Sobic009G139900 Sobic001G431000 Sobic001G431000 Sobic008G088809--Sobic001G431000 Sobic001G251100 Sobic001G251100 Sobic008G088809--Sobic001G251100 Sobic001G049500 Sobic001G049500 Sobic008G088809--Sobic001G049500 Sobic002G083900 Sobic002G083900 Sobic008G088809--Sobic002G083900 Sobic009G002300 Sobic009G002300 Sobic008G088809--Sobic009G002300 Sobic008G088806--Sobic001G251100 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic008G088806--Sobic002G133300 Sobic008G070800 Sobic008G070800 Sobic008G088806--Sobic008G070800 Sobic003G176000 Sobic003G176000 Sobic008G088806--Sobic003G176000 Sobic009G132700 Sobic009G132700 Sobic008G088806--Sobic009G132700 Sobic001G333100 Sobic001G333100 Sobic008G088806--Sobic001G333100 Sobic009G251500 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Octagon: transcription factors


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