Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G025900.1
Synonym lateral organ boundaries, LBD11, SbLBD28, Sb09g002190
Functional annotation "domain confirmed by Pfam database, expressed in leaf and root, expression induced by IAA treatment" (PubMedID : 20499123)
DUF260 domain containing protein, putative, expressed
UniProt C5YZ34
Pfam PF03195
Panther DB PTHR31301 PTHR31301:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G28500 : LOB domain-containing protein 11
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g17810.1 : DUF260 domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a001949 , Zm00025a038196 , Zm00025a052692 , Zm00025a040751
Brachypodium KQK07840 , KQK22193
Barley HORVU1Hr1G012720.1 , HORVU1Hr1G012720.2 , HORVU4Hr1G056890.2 , HORVU4Hr1G056890.3
Wheat TraesCS4D02G197400 , TraesCS4B02G197100 , TraesCS1A02G062200 , TraesCS4A02G107300
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G246100 one cut domain family member 3, putative, expressed -
2 Sobic.002G319100 hsp20/alpha crystallin family protein, putative, expressed K13993: HSP20 family protein
3 Sobic.004G010300 glycerol-3-phosphate acyltransferase, putative, expressed K13508: glycerol-3-phosphate acyltransferase
4 Sobic.001G131400 thioesterase family protein, putative, expressed -
5 Sobic.001G346000 UNE2, putative, expressed -
6 Sobic.007G025500 amino acid transporter, putative, expressed -
7 Sobic.001G052000 aspartic proteinase nepenthesin-1 precursor, putative, expressed -
8 Sobic.004G179600 VP15, putative, expressed K03635: MOCS2B, molybdopterin synthase catalytic subunit
9 Sobic.005G161100 expressed protein -
10 Sobic.002G034500 ERD4 protein, putative, expressed -
11 Sobic.007G187800 mtN19, putative, expressed -
12 Sobic.004G151400 glycosyl transferase 8 domain containing protein, putative, expressed K13648: alpha-1,4-galacturonosyltransferase
13 Sobic.001G061101 - -
14 Sobic.004G026400 expressed protein -
15 Sobic.002G092801 - -
16 Sobic.003G362100 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@transmembrane amino acid transporter protein, putative, expressed -
17 Sobic.007G107000 pirin, putative, expressed K06911: quercetin 2,3-dioxygenase
18 Sobic.001G339801 - -
19 Sobic.003G162700 expressed protein -
20 Sobic.001G536500 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic009G025900 Sobic009G025900 Sobic006G246100 Sobic006G246100 Sobic009G025900--Sobic006G246100 Sobic002G319100 Sobic002G319100 Sobic009G025900--Sobic002G319100 Sobic004G010300 Sobic004G010300 Sobic009G025900--Sobic004G010300 Sobic001G131400 Sobic001G131400 Sobic009G025900--Sobic001G131400 Sobic001G346000 Sobic001G346000 Sobic009G025900--Sobic001G346000 Sobic007G025500 Sobic007G025500 Sobic009G025900--Sobic007G025500 Sobic001G052000 Sobic001G052000 Sobic009G025900--Sobic001G052000 Sobic004G179600 Sobic004G179600 Sobic009G025900--Sobic004G179600 Sobic005G161100 Sobic005G161100 Sobic009G025900--Sobic005G161100 Sobic003G296300 Sobic003G296300 Sobic006G246100--Sobic003G296300 Sobic005G080200 Sobic005G080200 Sobic006G246100--Sobic005G080200 Sobic010G194300 Sobic010G194300 Sobic006G246100--Sobic010G194300 Sobic006G246100--Sobic002G319100 Sobic001G345400 Sobic001G345400 Sobic006G246100--Sobic001G345400 Sobic004G114400 Sobic004G114400 Sobic006G246100--Sobic004G114400 Sobic006G246100--Sobic004G010300 Sobic010G194900 Sobic010G194900 Sobic006G246100--Sobic010G194900 Sobic004G195000 Sobic004G195000 Sobic006G246100--Sobic004G195000 Sobic002G319100--Sobic007G025500 Sobic008G113000 Sobic008G113000 Sobic002G319100--Sobic008G113000 Sobic003G162700 Sobic003G162700 Sobic002G319100--Sobic003G162700 Sobic001G339801 Sobic001G339801 Sobic002G319100--Sobic001G339801 Sobic001G091600 Sobic001G091600 Sobic002G319100--Sobic001G091600 Sobic003G078100 Sobic003G078100 Sobic002G319100--Sobic003G078100 Sobic007G187800 Sobic007G187800 Sobic002G319100--Sobic007G187800 Sobic003G041600 Sobic003G041600 Sobic002G319100--Sobic003G041600 Sobic002G319100--Sobic006G246100 Sobic003G277500 Sobic003G277500 Sobic004G010300--Sobic003G277500 Sobic001G536500 Sobic001G536500 Sobic004G010300--Sobic001G536500 Sobic009G065300 Sobic009G065300 Sobic004G010300--Sobic009G065300 Sobic002G070200 Sobic002G070200 Sobic004G010300--Sobic002G070200 Sobic004G186500 Sobic004G186500 Sobic004G010300--Sobic004G186500 Sobic004G010300--Sobic003G162700 Sobic009G230100 Sobic009G230100 Sobic004G010300--Sobic009G230100 Sobic006G044932 Sobic006G044932 Sobic004G010300--Sobic006G044932 Sobic004G010300--Sobic010G194300 Sobic006G180200 Sobic006G180200 Sobic001G131400--Sobic006G180200 Sobic001G353600 Sobic001G353600 Sobic001G131400--Sobic001G353600 Sobic010G178200 Sobic010G178200 Sobic001G131400--Sobic010G178200 Sobic009G038100 Sobic009G038100 Sobic001G131400--Sobic009G038100 Sobic001G074300 Sobic001G074300 Sobic001G131400--Sobic001G074300 Sobic009G176000 Sobic009G176000 Sobic001G131400--Sobic009G176000 Sobic004G151400 Sobic004G151400 Sobic001G131400--Sobic004G151400 Sobic008G189300 Sobic008G189300 Sobic001G131400--Sobic008G189300 Sobic010G135000 Sobic010G135000 Sobic001G131400--Sobic010G135000 Sobic003G362100 Sobic003G362100 Sobic001G346000--Sobic003G362100 Sobic009G240600 Sobic009G240600 Sobic001G346000--Sobic009G240600 Sobic001G346000--Sobic007G025500 Sobic006G099900 Sobic006G099900 Sobic001G346000--Sobic006G099900 Sobic005G206601 Sobic005G206601 Sobic001G346000--Sobic005G206601 Sobic007G227300 Sobic007G227300 Sobic001G346000--Sobic007G227300 Sobic003G437200 Sobic003G437200 Sobic001G346000--Sobic003G437200 Sobic009G198000 Sobic009G198000 Sobic001G346000--Sobic009G198000 Sobic010G009300 Sobic010G009300 Sobic001G346000--Sobic010G009300 Sobic002G034800 Sobic002G034800 Sobic007G025500--Sobic002G034800 Sobic001G119400 Sobic001G119400 Sobic007G025500--Sobic001G119400 Sobic003G297600 Sobic003G297600 Sobic007G025500--Sobic003G297600 Sobic002G366600 Sobic002G366600 Sobic007G025500--Sobic002G366600 Sobic009G139400 Sobic009G139400 Sobic007G025500--Sobic009G139400 Sobic010G066700 Sobic010G066700 Sobic007G025500--Sobic010G066700 Sobic009G183400 Sobic009G183400 Sobic007G025500--Sobic009G183400 Sobic009G077800 Sobic009G077800 Sobic007G025500--Sobic009G077800 Sobic010G136000 Sobic010G136000 Sobic007G025500--Sobic010G136000 Sobic001G052000--Sobic002G366600 Sobic006G106100 Sobic006G106100 Sobic001G052000--Sobic006G106100 Sobic010G008400 Sobic010G008400 Sobic001G052000--Sobic010G008400 Sobic003G110200 Sobic003G110200 Sobic001G052000--Sobic003G110200 Sobic001G493001 Sobic001G493001 Sobic001G052000--Sobic001G493001 Sobic006G047400 Sobic006G047400 Sobic001G052000--Sobic006G047400 Sobic001G130301 Sobic001G130301 Sobic001G052000--Sobic001G130301 Sobic002G119900 Sobic002G119900 Sobic001G052000--Sobic002G119900 Sobic009G121900 Sobic009G121900 Sobic001G052000--Sobic009G121900 Sobic004G179600--Sobic007G025500 Sobic007G107000 Sobic007G107000 Sobic004G179600--Sobic007G107000 Sobic002G212200 Sobic002G212200 Sobic004G179600--Sobic002G212200 Sobic004G179600--Sobic002G319100 Sobic009G023200 Sobic009G023200 Sobic004G179600--Sobic009G023200 Sobic004G179600--Sobic003G362100 Sobic005G228000 Sobic005G228000 Sobic004G179600--Sobic005G228000 Sobic001G019900 Sobic001G019900 Sobic004G179600--Sobic001G019900 Sobic001G252300 Sobic001G252300 Sobic004G179600--Sobic001G252300 Sobic001G093900 Sobic001G093900 Sobic005G161100--Sobic001G093900 Sobic001G024500 Sobic001G024500 Sobic005G161100--Sobic001G024500 Sobic005G161100--Sobic009G025900 Sobic005G161100--Sobic008G113000 Sobic001G182600 Sobic001G182600 Sobic005G161100--Sobic001G182600 Sobic005G161100--Sobic006G246100 Sobic005G161100--Sobic004G010300 Sobic005G161100--Sobic009G065300 Sobic001G403300 Sobic001G403300 Sobic005G161100--Sobic001G403300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.