Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G181200.1
Synonym Sb10g023270, FRS5
Functional annotation FAR1 family protein, expressed
UniProt C5Z5K0
Pfam PF04434 PF03101 PF10551
Panther DB PTHR31669 PTHR31669:SF37
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0006355regulation of transcription, DNA-templated


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G38180 : FAR1-related sequence 5
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g39680.1 : transposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley HORVU7Hr1G085020.8 , HORVU7Hr1G085020.9 , HORVU7Hr1G085020.1 , HORVU7Hr1G085020.3 , HORVU7Hr1G085020.14 , HORVU7Hr1G085020.12 , HORVU7Hr1G085020.13 , HORVU7Hr1G085020.10 , HORVU7Hr1G085020.11
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G096400 protein kinase domain containing protein, expressed -
2 Sobic.006G080400 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11851: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
3 Sobic.008G047300 Trihelix Family(PubMedID : 24864043)@homeodomain, putative, expressed -
4 Sobic.008G002500 RCD1, putative, expressed -
5 Sobic.005G200900 SCC3, putative, expressed K06671: STAG1_2, SCC3, cohesin complex subunit SA-1/2
6 Sobic.009G088000 expressed protein -
7 Sobic.008G112800 pre-mRNA-processing factor 6, putative, expressed K12855: PRPF6, pre-mRNA-processing factor 6
8 Sobic.009G095100 expressed protein -
9 Sobic.002G391600 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase, putative, expressed K12854: SNRNP200, pre-mRNA-splicing helicase BRR2
10 Sobic.010G123600 WW domain containing protein, expressed -
11 Sobic.008G089100 armadillo/beta-catenin repeat family protein, putative, expressed -
12 Sobic.001G354600 SAP domain containing protein, expressed K12875: ACIN1, apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus
13 Sobic.002G133300 ZOS9-20 - C2H2 zinc finger protein, expressed K14400: pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11
14 Sobic.001G207000 KH domain containing protein, putative, expressed K13162: poly(rC)-binding protein 2
15 Sobic.001G025000 FACT complex subunit SPT16, putative, expressed -
16 Sobic.010G112100 transcription factor jumonji, putative, expressed K11446: KDM5, [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase
17 Sobic.004G355800 expressed protein -
18 Sobic.006G040800 expressed protein -
19 Sobic.010G026600 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
20 Sobic.004G155600 dnaJ domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G181200 Sobic010G181200 Sobic005G096400 Sobic005G096400 Sobic010G181200--Sobic005G096400 Sobic006G080400 Sobic006G080400 Sobic010G181200--Sobic006G080400 Sobic008G047300 Sobic008G047300 Sobic010G181200--Sobic008G047300 Sobic008G002500 Sobic008G002500 Sobic010G181200--Sobic008G002500 Sobic005G200900 Sobic005G200900 Sobic010G181200--Sobic005G200900 Sobic009G088000 Sobic009G088000 Sobic010G181200--Sobic009G088000 Sobic008G112800 Sobic008G112800 Sobic010G181200--Sobic008G112800 Sobic009G095100 Sobic009G095100 Sobic010G181200--Sobic009G095100 Sobic002G391600 Sobic002G391600 Sobic010G181200--Sobic002G391600 Sobic004G136300 Sobic004G136300 Sobic005G096400--Sobic004G136300 Sobic001G004400 Sobic001G004400 Sobic005G096400--Sobic001G004400 Sobic003G164200 Sobic003G164200 Sobic005G096400--Sobic003G164200 Sobic001G016600 Sobic001G016600 Sobic005G096400--Sobic001G016600 Sobic010G138000 Sobic010G138000 Sobic005G096400--Sobic010G138000 Sobic009G094900 Sobic009G094900 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Sobic002G391600--Sobic009G109200 Sobic010G010700 Sobic010G010700 Sobic002G391600--Sobic010G010700 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic002G391600--Sobic002G133300
Octagon: transcription factors


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