Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G040800.1,Sobic.006G040800.2
Synonym Sb06g008790
Functional annotation expressed protein
UniProt C5YDV4
Pfam PF12767
Panther DB PTHR21277 PTHR21277:SF10 PTHR21277:SF10 PTHR21277
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G31440 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g21650.2,LOC_Os04g21650.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a012114 , Zm00025a055729
Brachypodium KQJ82031 , KQJ82030 , PNT60792 , PNT60793 , PNT60794 , KQJ82029
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G002500 RCD1, putative, expressed -
2 Sobic.001G063700 expressed protein -
3 Sobic.004G332400 neurochondrin family protein, putative, expressed -
4 Sobic.009G088000 expressed protein -
5 Sobic.003G360400 ulp1 protease family protein, putative, expressed K08596: sentrin-specific protease 7
6 Sobic.008G164600 expressed protein -
7 Sobic.001G354600 SAP domain containing protein, expressed K12875: ACIN1, apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus
8 Sobic.001G433800 lissencephaly type-1-like homology motif, putative, expressed -
9 Sobic.007G225100 ZOS8-09 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
10 Sobic.001G522600 PHD-finger domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.002G397500 SAC3/GANP family protein, expressed -
12 Sobic.002G425500 ATPOT1, putative, expressed -
13 Sobic.010G112100 transcription factor jumonji, putative, expressed K11446: KDM5, [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase
14 Sobic.001G346900 RNA cap guanine-N2 methyltransferase domain containing protein, expressed K14292: trimethylguanosine synthase
15 Sobic.007G157000 protein transport protein, putative, expressed K14006: protein transport protein SEC23
16 Sobic.002G317200 uncharacterized ACR, COG1590 family protein, expressed K15450: tRNA wybutosine-synthesizing protein 3
17 Sobic.003G188400 glutamate dehydrogenase protein, putative, expressed K00262: E1.4.1.4, glutamate dehydrogenase (NADP+)
18 Sobic.002G154000 EDM2, putative, expressed -
19 Sobic.007G063000 expressed protein -
20 Sobic.001G461400 pre-mRNA-processing factor 39, putative, expressed K13217: PRPF39, pre-mRNA-processing factor 39


Gene co-expression network
sample Sobic006G040800 Sobic006G040800 Sobic008G002500 Sobic008G002500 Sobic006G040800--Sobic008G002500 Sobic001G063700 Sobic001G063700 Sobic006G040800--Sobic001G063700 Sobic004G332400 Sobic004G332400 Sobic006G040800--Sobic004G332400 Sobic009G088000 Sobic009G088000 Sobic006G040800--Sobic009G088000 Sobic003G360400 Sobic003G360400 Sobic006G040800--Sobic003G360400 Sobic008G164600 Sobic008G164600 Sobic006G040800--Sobic008G164600 Sobic001G354600 Sobic001G354600 Sobic006G040800--Sobic001G354600 Sobic001G433800 Sobic001G433800 Sobic006G040800--Sobic001G433800 Sobic007G225100 Sobic007G225100 Sobic006G040800--Sobic007G225100 Sobic008G002500--Sobic006G040800 Sobic008G002500--Sobic001G063700 Sobic008G002500--Sobic001G354600 Sobic008G002500--Sobic003G360400 Sobic008G002500--Sobic009G088000 Sobic003G188400 Sobic003G188400 Sobic008G002500--Sobic003G188400 Sobic001G522600 Sobic001G522600 Sobic008G002500--Sobic001G522600 Sobic008G002500--Sobic001G433800 Sobic008G002500--Sobic004G332400 Sobic001G461400 Sobic001G461400 Sobic001G063700--Sobic001G461400 Sobic001G063700--Sobic003G360400 Sobic010G112100 Sobic010G112100 Sobic001G063700--Sobic010G112100 Sobic002G154000 Sobic002G154000 Sobic001G063700--Sobic002G154000 Sobic001G063700--Sobic003G188400 Sobic001G063700--Sobic001G433800 Sobic009G256300 Sobic009G256300 Sobic001G063700--Sobic009G256300 Sobic001G063700--Sobic008G002500 Sobic001G063700--Sobic001G354600 Sobic004G332400--Sobic006G040800 Sobic004G332400--Sobic008G002500 Sobic004G321700 Sobic004G321700 Sobic004G332400--Sobic004G321700 Sobic009G143800 Sobic009G143800 Sobic004G332400--Sobic009G143800 Sobic004G332400--Sobic003G188400 Sobic002G425500 Sobic002G425500 Sobic004G332400--Sobic002G425500 Sobic001G346900 Sobic001G346900 Sobic004G332400--Sobic001G346900 Sobic008G147200 Sobic008G147200 Sobic004G332400--Sobic008G147200 Sobic004G040200 Sobic004G040200 Sobic004G332400--Sobic004G040200 Sobic009G088000--Sobic008G002500 Sobic009G088000--Sobic006G040800 Sobic002G126300 Sobic002G126300 Sobic009G088000--Sobic002G126300 Sobic003G294600 Sobic003G294600 Sobic009G088000--Sobic003G294600 Sobic003G164200 Sobic003G164200 Sobic009G088000--Sobic003G164200 Sobic005G200900 Sobic005G200900 Sobic009G088000--Sobic005G200900 Sobic002G137200 Sobic002G137200 Sobic009G088000--Sobic002G137200 Sobic004G355800 Sobic004G355800 Sobic009G088000--Sobic004G355800 Sobic010G236400 Sobic010G236400 Sobic009G088000--Sobic010G236400 Sobic003G360400--Sobic010G112100 Sobic003G360400--Sobic002G154000 Sobic003G360400--Sobic001G354600 Sobic003G360400--Sobic001G433800 Sobic003G389200 Sobic003G389200 Sobic003G360400--Sobic003G389200 Sobic009G044800 Sobic009G044800 Sobic003G360400--Sobic009G044800 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G360400--Sobic005G112300 Sobic007G063000 Sobic007G063000 Sobic003G360400--Sobic007G063000 Sobic003G360400--Sobic009G256300 Sobic010G266500 Sobic010G266500 Sobic008G164600--Sobic010G266500 Sobic008G164600--Sobic006G040800 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic008G164600--Sobic001G145400 Sobic008G164600--Sobic007G225100 Sobic004G256500 Sobic004G256500 Sobic008G164600--Sobic004G256500 Sobic010G118000 Sobic010G118000 Sobic008G164600--Sobic010G118000 Sobic002G145800 Sobic002G145800 Sobic008G164600--Sobic002G145800 Sobic004G246100 Sobic004G246100 Sobic008G164600--Sobic004G246100 Sobic009G255600 Sobic009G255600 Sobic008G164600--Sobic009G255600 Sobic001G354600--Sobic003G360400 Sobic001G354600--Sobic010G112100 Sobic001G354600--Sobic001G433800 Sobic004G048800 Sobic004G048800 Sobic001G354600--Sobic004G048800 Sobic007G105100 Sobic007G105100 Sobic001G354600--Sobic007G105100 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic001G354600--Sobic002G133300 Sobic001G354600--Sobic001G063700 Sobic002G068100 Sobic002G068100 Sobic001G354600--Sobic002G068100 Sobic001G354600--Sobic009G044800 Sobic001G433800--Sobic010G112100 Sobic001G433800--Sobic003G360400 Sobic001G433800--Sobic007G063000 Sobic001G433800--Sobic005G112300 Sobic004G242400 Sobic004G242400 Sobic001G433800--Sobic004G242400 Sobic001G433800--Sobic002G133300 Sobic001G363500 Sobic001G363500 Sobic001G433800--Sobic001G363500 Sobic006G252900 Sobic006G252900 Sobic001G433800--Sobic006G252900 Sobic006G041600 Sobic006G041600 Sobic001G433800--Sobic006G041600 Sobic004G277200 Sobic004G277200 Sobic007G225100--Sobic004G277200 Sobic001G313700 Sobic001G313700 Sobic007G225100--Sobic001G313700 Sobic002G299000 Sobic002G299000 Sobic007G225100--Sobic002G299000 Sobic003G337300 Sobic003G337300 Sobic007G225100--Sobic003G337300 Sobic002G366400 Sobic002G366400 Sobic007G225100--Sobic002G366400 Sobic003G104000 Sobic003G104000 Sobic007G225100--Sobic003G104000 Sobic008G099800 Sobic008G099800 Sobic007G225100--Sobic008G099800 Sobic001G124200 Sobic001G124200 Sobic007G225100--Sobic001G124200 Sobic002G045600 Sobic002G045600 Sobic007G225100--Sobic002G045600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.