Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G317100.2
Synonym Sb02g034620
Functional annotation PPR repeat containing protein, expressed
UniProt A0A1W0W6G3
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF380
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G05670 : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g32900.1 : PPR repeat containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a014771
Brachypodium KQK16022
Barley HORVU2Hr1G046710.10 , HORVU2Hr1G046710.6 , HORVU2Hr1G046710.7 , HORVU2Hr1G046710.4 , HORVU2Hr1G046710.5 , HORVU2Hr1G046710.2 , HORVU2Hr1G046710.3 , HORVU2Hr1G046710.1 , HORVU2Hr1G046710.8 , HORVU2Hr1G046710.9
Wheat TraesCS2B02G273600 , TraesCS2A02G223300
Populus PNT14519 , PNT14518


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G038600 pyridoxal-dependent decarboxylase protein, putative, expressed K01586: diaminopimelate decarboxylase
2 Sobic.006G128400 PPR repeat containing protein, expressed -
3 Sobic.001G393900 FAD binding domain containing protein, expressed -
4 Sobic.002G155000 EMB1381, putative, expressed -
5 Sobic.003G308500 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed -
6 Sobic.010G115400 pentatricopeptide, putative, expressed -
7 Sobic.006G193300 nucleolar complex protein, putative, expressed K14771: NOC4, U3 small nucleolar RNA-associated protein 19
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9 Sobic.001G178300 DNA-binding protein, putative, expressed -
10 Sobic.005G026400 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G089600 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K14442: DHX36, ATP-dependent RNA helicase DHX36
12 Sobic.010G100800 alpha-mannosidase 2, putative, expressed K01231: alpha-mannosidase II
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14 Sobic.009G005400 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
15 Sobic.001G417500 expressed protein -
16 Sobic.002G399800 PWWP domain containing protein, expressed -
17 Sobic.001G493700 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed -
18 Sobic.010G174700 expressed protein -
19 Sobic.010G102600 pentatricopeptide, putative, expressed -
20 Sobic.004G344000 expressed protein -


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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