Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G102600.2
Synonym Sb10g008940
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A194YIB3
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF734
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G61520 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g13950.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a042665
Brachypodium -
Barley HORVU7Hr1G040870.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G014801 - -
2 Sobic.001G089600 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K14442: DHX36, ATP-dependent RNA helicase DHX36
3 Sobic.004G320500 expressed protein K14794: ribosomal RNA-processing protein 12
4 Sobic.001G453400 CCAAT/enhancer-binding protein, putative, expressed K14832: MAK21, NOC1, ribosome biogenesis protein MAK21
5 Sobic.001G493700 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed -
6 Sobic.005G122700 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
7 Sobic.010G115400 pentatricopeptide, putative, expressed -
8 Sobic.010G003400 - K12598: MTR4, ATP-dependent RNA helicase DOB1
9 Sobic.003G166750 - K15188: cyclin T
10 Sobic.002G256700 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11844: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16/45
11 Sobic.001G251100 endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing protein, expressed K12603: CNOT6, CCR4-NOT transcription complex subunit 6
12 Sobic.006G086600 IKI3 family protein, expressed K11373: ELP1, IKI3, elongator complex protein 1
13 Sobic.001G052400 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K14573: NOP4, nucleolar protein 4
14 Sobic.003G260400 ATP dependent DNA ligase family protein, putative, expressed K10747: DNA ligase 1
15 Sobic.003G156500 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K14824: ERB1, ribosome biogenesis protein ERB1
16 Sobic.003G032700 - -
17 Sobic.001G393900 FAD binding domain containing protein, expressed -
18 Sobic.001G376900 utp14 protein, putative, expressed K14567: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
19 Sobic.002G373950 - -
20 Sobic.002G235200 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G102600 Sobic010G102600 Sobic008G014801 Sobic008G014801 Sobic010G102600--Sobic008G014801 Sobic001G089600 Sobic001G089600 Sobic010G102600--Sobic001G089600 Sobic004G320500 Sobic004G320500 Sobic010G102600--Sobic004G320500 Sobic001G453400 Sobic001G453400 Sobic010G102600--Sobic001G453400 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic010G102600--Sobic001G493700 Sobic005G122700 Sobic005G122700 Sobic010G102600--Sobic005G122700 Sobic010G115400 Sobic010G115400 Sobic010G102600--Sobic010G115400 Sobic010G003400 Sobic010G003400 Sobic010G102600--Sobic010G003400 Sobic003G166750 Sobic003G166750 Sobic010G102600--Sobic003G166750 Sobic008G014801--Sobic010G102600 Sobic001G052400 Sobic001G052400 Sobic008G014801--Sobic001G052400 Sobic001G376900 Sobic001G376900 Sobic008G014801--Sobic001G376900 Sobic003G441900 Sobic003G441900 Sobic008G014801--Sobic003G441900 Sobic008G014801--Sobic004G320500 Sobic003G032700 Sobic003G032700 Sobic008G014801--Sobic003G032700 Sobic001G455600 Sobic001G455600 Sobic008G014801--Sobic001G455600 Sobic003G171500 Sobic003G171500 Sobic008G014801--Sobic003G171500 Sobic008G063300 Sobic008G063300 Sobic008G014801--Sobic008G063300 Sobic003G095900 Sobic003G095900 Sobic001G089600--Sobic003G095900 Sobic006G086600 Sobic006G086600 Sobic001G089600--Sobic006G086600 Sobic001G089600--Sobic010G115400 Sobic001G089600--Sobic001G493700 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic001G089600--Sobic002G397500 Sobic004G260100 Sobic004G260100 Sobic001G089600--Sobic004G260100 Sobic004G248600 Sobic004G248600 Sobic001G089600--Sobic004G248600 Sobic004G322400 Sobic004G322400 Sobic001G089600--Sobic004G322400 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic001G089600--Sobic009G084900 Sobic004G320500--Sobic001G052400 Sobic004G320500--Sobic006G086600 Sobic004G340400 Sobic004G340400 Sobic004G320500--Sobic004G340400 Sobic002G256700 Sobic002G256700 Sobic004G320500--Sobic002G256700 Sobic004G320500--Sobic001G493700 Sobic004G320500--Sobic001G089600 Sobic004G320500--Sobic010G102600 Sobic004G320500--Sobic010G003400 Sobic009G255600 Sobic009G255600 Sobic004G320500--Sobic009G255600 Sobic001G453400--Sobic010G003400 Sobic001G453400--Sobic006G086600 Sobic001G453400--Sobic001G376900 Sobic003G156500 Sobic003G156500 Sobic001G453400--Sobic003G156500 Sobic001G453400--Sobic001G052400 Sobic001G453400--Sobic001G089600 Sobic006G125900 Sobic006G125900 Sobic001G453400--Sobic006G125900 Sobic007G106700 Sobic007G106700 Sobic001G453400--Sobic007G106700 Sobic010G114900 Sobic010G114900 Sobic001G453400--Sobic010G114900 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic001G493700--Sobic002G179400 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic001G493700--Sobic005G162500 Sobic006G184900 Sobic006G184900 Sobic001G493700--Sobic006G184900 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic001G493700--Sobic002G133300 Sobic009G131300 Sobic009G131300 Sobic001G493700--Sobic009G131300 Sobic002G429300 Sobic002G429300 Sobic001G493700--Sobic002G429300 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic001G493700--Sobic002G042600 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic001G493700--Sobic002G335600 Sobic006G088200 Sobic006G088200 Sobic001G493700--Sobic006G088200 Sobic002G316600 Sobic002G316600 Sobic005G122700--Sobic002G316600 Sobic007G103100 Sobic007G103100 Sobic005G122700--Sobic007G103100 Sobic005G122700--Sobic003G166750 Sobic001G529600 Sobic001G529600 Sobic005G122700--Sobic001G529600 Sobic005G122700--Sobic002G133300 Sobic001G527800 Sobic001G527800 Sobic005G122700--Sobic001G527800 Sobic001G289800 Sobic001G289800 Sobic005G122700--Sobic001G289800 Sobic010G079500 Sobic010G079500 Sobic005G122700--Sobic010G079500 Sobic001G542500 Sobic001G542500 Sobic005G122700--Sobic001G542500 Sobic010G115400--Sobic001G089600 Sobic002G399800 Sobic002G399800 Sobic010G115400--Sobic002G399800 Sobic010G115400--Sobic010G102600 Sobic010G174700 Sobic010G174700 Sobic010G115400--Sobic010G174700 Sobic001G393900 Sobic001G393900 Sobic010G115400--Sobic001G393900 Sobic010G115400--Sobic003G095900 Sobic004G019200 Sobic004G019200 Sobic010G115400--Sobic004G019200 Sobic003G260400 Sobic003G260400 Sobic010G115400--Sobic003G260400 Sobic010G115400--Sobic003G032700 Sobic010G003400--Sobic006G086600 Sobic010G003400--Sobic001G453400 Sobic010G003400--Sobic001G052400 Sobic009G101200 Sobic009G101200 Sobic010G003400--Sobic009G101200 Sobic010G003400--Sobic003G260400 Sobic001G004400 Sobic001G004400 Sobic010G003400--Sobic001G004400 Sobic010G003400--Sobic004G320500 Sobic010G003400--Sobic001G089600 Sobic004G030800 Sobic004G030800 Sobic010G003400--Sobic004G030800 Sobic009G165700 Sobic009G165700 Sobic003G166750--Sobic009G165700 Sobic008G001200 Sobic008G001200 Sobic003G166750--Sobic008G001200 Sobic009G256400 Sobic009G256400 Sobic003G166750--Sobic009G256400 Sobic001G370900 Sobic001G370900 Sobic003G166750--Sobic001G370900 Sobic003G166750--Sobic001G289800 Sobic003G166750--Sobic002G316600 Sobic001G194200 Sobic001G194200 Sobic003G166750--Sobic001G194200 Sobic003G166750--Sobic001G527800 Sobic001G457800 Sobic001G457800 Sobic003G166750--Sobic001G457800
Octagon: transcription factors


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