Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G221000.1
Synonym Sb03g027940
Functional annotation PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt C5XR20
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF917
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G36680 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g42990.1 : PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a028751
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G129400 ribosomal protein-related, putative, expressed K02970: RP-S21, MRPS21, small subunit ribosomal protein S21
2 Sobic.010G161525 - -
3 Sobic.006G078800 - -
4 Sobic.001G315800 shikimate/quinate 5-dehydrogenase, putative, expressed -
5 Sobic.001G008800 expressed protein -
6 Sobic.010G194200 expressed protein -
7 Sobic.009G214800 - -
8 Sobic.004G018400 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative, expressed K01802: peptidylprolyl isomerase
9 Sobic.008G008300 expressed protein -
10 Sobic.003G326900 expressed protein -
11 Sobic.003G182400 DNA-damage-repair/toleration protein DRT102, putative, expressed -
12 Sobic.003G122100 FAD binding domain containing protein, expressed K10960: chlP, geranylgeranyl diphosphate/geranylgeranyl-bacteriochlorophyllide a reductase
13 Sobic.001G036300 aminopeptidase, putative, expressed K01254: leukotriene-A4 hydrolase
14 Sobic.002G175900 expressed protein -
15 Sobic.003G016400 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
16 Sobic.008G107900 glycine-rich protein, putative, expressed -
17 Sobic.001G198200 CRP3 - Cysteine-rich family protein precursor, expressed -
18 Sobic.002G287750 - -
19 Sobic.001G099200 expressed protein -
20 Sobic.001G144600 parafibromin, putative, expressed K15175: parafibromin


Gene co-expression network
sample Sobic003G221000 Sobic003G221000 Sobic001G129400 Sobic001G129400 Sobic003G221000--Sobic001G129400 Sobic010G161525 Sobic010G161525 Sobic003G221000--Sobic010G161525 Sobic006G078800 Sobic006G078800 Sobic003G221000--Sobic006G078800 Sobic001G315800 Sobic001G315800 Sobic003G221000--Sobic001G315800 Sobic001G008800 Sobic001G008800 Sobic003G221000--Sobic001G008800 Sobic010G194200 Sobic010G194200 Sobic003G221000--Sobic010G194200 Sobic009G214800 Sobic009G214800 Sobic003G221000--Sobic009G214800 Sobic004G018400 Sobic004G018400 Sobic003G221000--Sobic004G018400 Sobic008G008300 Sobic008G008300 Sobic003G221000--Sobic008G008300 Sobic003G326900 Sobic003G326900 Sobic001G129400--Sobic003G326900 Sobic003G003000 Sobic003G003000 Sobic001G129400--Sobic003G003000 Sobic001G129400--Sobic010G194200 Sobic001G129400--Sobic001G008800 Sobic004G248900 Sobic004G248900 Sobic001G129400--Sobic004G248900 Sobic010G018000 Sobic010G018000 Sobic001G129400--Sobic010G018000 Sobic001G451901 Sobic001G451901 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Octagon: transcription factors


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