Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G308200.2,Sobic.003G308200.3,Sobic.003G308200.1
Synonym LINC4
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6Q6A6 , A0A1B6Q6A8 , A0A1B6Q6B0
Pfam -
Panther DB PTHR31908 PTHR31908:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G65770 : little nuclei4
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g56140.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027414
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS3A02G299200 , TraesCS3B02G337300 , TraesCS3B02G337300 , TraesCS3D02G302500 , TraesCS3D02G302500
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G308200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G200900 SCC3, putative, expressed K06671: STAG1_2, SCC3, cohesin complex subunit SA-1/2
2 Sobic.003G428100 FYVE zinc finger domain containing protein, expressed -
3 Sobic.003G012100 smr domain containing protein, expressed -
4 Sobic.004G355800 expressed protein -
5 Sobic.008G113100 protein binding protein, putative, expressed -
6 Sobic.002G362800 formin-like protein 20, putative, expressed K02184: formin 2
7 Sobic.009G251500 chromosome segregation protein sudA, putative, expressed K06669: SMC3, structural maintenance of chromosome 3 (chondroitin sulfate proteoglycan 6)
8 Sobic.001G212300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@myosin-2 heavy chain, non muscle, putative, expressed -
9 Sobic.004G039200 splicing factor 3B subunit 1, putative, expressed K12828: SF3B1, splicing factor 3B subunit 1
10 Sobic.002G154000 EDM2, putative, expressed -
11 Sobic.001G083400 expressed protein -
12 Sobic.003G101500 dnaJ domain containing protein, expressed -
13 Sobic.004G213000 AT hook motif family protein, expressed -
14 Sobic.002G233900 AGAP005770-PA, putative, expressed -
15 Sobic.004G264300 nuclear matrix constituent protein 1-like, putative, expressed -
16 Sobic.002G344000 expressed protein -
17 Sobic.003G389200 Rad21 / Rec8 like protein, putative, expressed K06670: SCC1, MCD1, cohesin complex subunit SCC1
18 Sobic.009G024000 nuclear factor related to kappa-B-binding protein, related, putative, expressed K11671: NFRKB, nuclear factor related to kappa-B-binding protein
19 Sobic.001G025000 FACT complex subunit SPT16, putative, expressed -
20 Sobic.008G028700 SET domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G308200 Sobic003G308200 Sobic005G200900 Sobic005G200900 Sobic003G308200--Sobic005G200900 Sobic003G428100 Sobic003G428100 Sobic003G308200--Sobic003G428100 Sobic003G012100 Sobic003G012100 Sobic003G308200--Sobic003G012100 Sobic004G355800 Sobic004G355800 Sobic003G308200--Sobic004G355800 Sobic008G113100 Sobic008G113100 Sobic003G308200--Sobic008G113100 Sobic002G362800 Sobic002G362800 Sobic003G308200--Sobic002G362800 Sobic009G251500 Sobic009G251500 Sobic003G308200--Sobic009G251500 Sobic001G212300 Sobic001G212300 Sobic003G308200--Sobic001G212300 Sobic004G039200 Sobic004G039200 Sobic003G308200--Sobic004G039200 Sobic005G200900--Sobic004G355800 Sobic002G154000 Sobic002G154000 Sobic005G200900--Sobic002G154000 Sobic003G360400 Sobic003G360400 Sobic005G200900--Sobic003G360400 Sobic005G200900--Sobic009G251500 Sobic009G088000 Sobic009G088000 Sobic005G200900--Sobic009G088000 Sobic006G118700 Sobic006G118700 Sobic005G200900--Sobic006G118700 Sobic006G210000 Sobic006G210000 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Octagon: transcription factors


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