Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G203400.1
Synonym Sb07g027070
Functional annotation spermidine synthase-related, putative, expressed
UniProt C5YIB5
Pfam -
Panther DB PTHR12176 PTHR12176:SF21
NCBI CDD KOG2352; Predicted spermine/spermidine synthase
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G04610 : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g40890.1 : spermidine synthase-related, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a005155
Brachypodium KQJ98998
Barley HORVU7Hr1G051960.1 , HORVU7Hr1G051960.2
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G503900 MT-A70 domain containing protein, expressed -
2 Sobic.008G040100 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed -
3 Sobic.002G278000 endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein, putative, expressed K10772: AP endonuclease 2
4 Sobic.002G404700 expressed protein K11367: chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
5 Sobic.003G401600 expressed protein K12879: THO complex subunit 2
6 Sobic.001G480100 - -
7 Sobic.003G039900 OsFBDUF1 - F-box and DUF domain containing protein, expressed -
8 Sobic.001G409800 OsFBX234 - F-box domain containing protein, expressed -
9 Sobic.003G444800 expressed protein -
10 Sobic.003G170700 expressed protein -
11 Sobic.004G216500 hypothetical protein -
12 Sobic.006G234700 FGGY family of carbohydrate kinases, putative, expressed -
13 Sobic.010G188800 EF hand family protein, putative, expressed K13448: calcium-binding protein CML
14 Sobic.010G273000 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
15 Sobic.006G251900 - -
16 Sobic.008G098300 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26, putative, expressed K11858: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48
17 Sobic.001G030000 FG-GAP repeat-containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.007G000300 expressed protein -
19 Sobic.009G083400 RNA recognition motif family protein, expressed -
20 Sobic.010G279450 - K11446: KDM5, [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase


Gene co-expression network
sample Sobic007G203400 Sobic007G203400 Sobic001G503900 Sobic001G503900 Sobic007G203400--Sobic001G503900 Sobic008G040100 Sobic008G040100 Sobic007G203400--Sobic008G040100 Sobic002G278000 Sobic002G278000 Sobic007G203400--Sobic002G278000 Sobic002G404700 Sobic002G404700 Sobic007G203400--Sobic002G404700 Sobic003G401600 Sobic003G401600 Sobic007G203400--Sobic003G401600 Sobic001G480100 Sobic001G480100 Sobic007G203400--Sobic001G480100 Sobic003G039900 Sobic003G039900 Sobic007G203400--Sobic003G039900 Sobic001G409800 Sobic001G409800 Sobic007G203400--Sobic001G409800 Sobic003G444800 Sobic003G444800 Sobic007G203400--Sobic003G444800 Sobic008G011000 Sobic008G011000 Sobic001G503900--Sobic008G011000 Sobic003G156500 Sobic003G156500 Sobic001G503900--Sobic003G156500 Sobic002G316600 Sobic002G316600 Sobic001G503900--Sobic002G316600 Sobic003G260400 Sobic003G260400 Sobic001G503900--Sobic003G260400 Sobic008G185800 Sobic008G185800 Sobic001G503900--Sobic008G185800 Sobic010G169600 Sobic010G169600 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Octagon: transcription factors


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