Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G118200.2,Sobic.009G118200.4,Sobic.009G118200.3,Sobic.009G118200.1
Synonym VAP27-2, Sb09g018590
Functional annotation MSP domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R293 , C5YX93 , A0A1B6P866 , A0A1B6P8A8
Pfam PF00635
Panther DB PTHR10809 PTHR10809:SF61
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005789; endoplasmic reticulum membrane


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G08820 : vamp/synaptobrevin-associated protein 27-2,Plant VAMP (vesicle-associated membrane protein) family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g71050.1 : MSP domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a037656
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.009G118200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G207100 chloroplast 30S ribosomal protein S3, putative, expressed K02982: RP-S3, small subunit ribosomal protein S3
2 Sobic.006G102200 GPI transamidase component family protein, putative, expressed -
3 Sobic.003G117850 - -
4 Sobic.004G116900 nuclear ribonuclease Z, putative, expressed K00784: ribonuclease Z
5 Sobic.003G053100 - -
6 Sobic.007G199901 - -
7 Sobic.001G134150 - -
8 Sobic.003G172600 - -
9 Sobic.002G150200 cytochrome c biogenesis protein ccsA, putative, expressed -
10 Sobic.004G007133 - -
11 Sobic.003G159101 - -
12 Sobic.004G320900 - -
13 Sobic.007G126150 - -
14 Sobic.003G169200 chloroplast ATP synthase a chain precursor, putative, expressed K02108: ATPF0A, F-type H+-transporting ATPase subunit a
15 Sobic.002G288700 - K02711: photosystem II PsbJ protein
16 Sobic.003G172800 ribulose bisphosphate carboxylase large chain precursor, putative, expressed K01601: ribulose-bisphosphate carboxylase large chain
17 Sobic.003G130200 embryonic protein DC-8, putative, expressed -
18 Sobic.002G148166 - -
19 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
20 Sobic.003G173116 - K02724: photosystem II PsbZ protein


Gene co-expression network
sample Sobic009G118200 Sobic009G118200 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic009G118200--Sobic007G207100 Sobic006G102200 Sobic006G102200 Sobic009G118200--Sobic006G102200 Sobic003G117850 Sobic003G117850 Sobic009G118200--Sobic003G117850 Sobic004G116900 Sobic004G116900 Sobic009G118200--Sobic004G116900 Sobic003G053100 Sobic003G053100 Sobic009G118200--Sobic003G053100 Sobic007G199901 Sobic007G199901 Sobic009G118200--Sobic007G199901 Sobic001G134150 Sobic001G134150 Sobic009G118200--Sobic001G134150 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic009G118200--Sobic003G172600 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic009G118200--Sobic002G150200 Sobic007G207100--Sobic002G150200 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic007G207100--Sobic004G210400 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic007G207100--Sobic003G130200 Sobic007G207100--Sobic003G117850 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic007G207100--Sobic002G148166 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic007G207100--Sobic005G002050 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic007G207100--Sobic002G270733 Sobic007G207100--Sobic003G172600 Sobic001G487900 Sobic001G487900 Sobic007G207100--Sobic001G487900 Sobic005G118900 Sobic005G118900 Sobic006G102200--Sobic005G118900 Sobic005G104900 Sobic005G104900 Sobic006G102200--Sobic005G104900 Sobic006G102200--Sobic003G053100 Sobic005G139900 Sobic005G139900 Sobic006G102200--Sobic005G139900 Sobic006G102200--Sobic003G172600 Sobic003G173116 Sobic003G173116 Sobic006G102200--Sobic003G173116 Sobic003G169200 Sobic003G169200 Sobic006G102200--Sobic003G169200 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic006G102200--Sobic001G230050 Sobic003G159101 Sobic003G159101 Sobic006G102200--Sobic003G159101 Sobic003G117850--Sobic003G172600 Sobic003G117850--Sobic003G173116 Sobic003G117850--Sobic001G230050 Sobic003G117850--Sobic002G270733 Sobic003G117850--Sobic007G207100 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic003G117850--Sobic003G172701 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic003G117850--Sobic009G148950 Sobic003G117850--Sobic002G148166 Sobic003G117850--Sobic002G150200 Sobic006G123800 Sobic006G123800 Sobic004G116900--Sobic006G123800 Sobic002G288700 Sobic002G288700 Sobic004G116900--Sobic002G288700 Sobic007G223250 Sobic007G223250 Sobic004G116900--Sobic007G223250 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic004G116900--Sobic001G266000 Sobic005G146900 Sobic005G146900 Sobic004G116900--Sobic005G146900 Sobic002G014900 Sobic002G014900 Sobic004G116900--Sobic002G014900 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic004G116900--Sobic003G173266 Sobic001G490200 Sobic001G490200 Sobic004G116900--Sobic001G490200 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic004G116900--Sobic002G222000 Sobic003G053100--Sobic005G139900 Sobic003G053100--Sobic003G173116 Sobic003G053100--Sobic005G104900 Sobic003G053100--Sobic003G172600 Sobic003G053100--Sobic003G159101 Sobic003G053100--Sobic003G169200 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic003G053100--Sobic001G535850 Sobic004G303433 Sobic004G303433 Sobic003G053100--Sobic004G303433 Sobic003G053100--Sobic001G230050 Sobic002G245700 Sobic002G245700 Sobic007G199901--Sobic002G245700 Sobic007G199901--Sobic003G053100 Sobic003G351501 Sobic003G351501 Sobic007G199901--Sobic003G351501 Sobic001G413300 Sobic001G413300 Sobic007G199901--Sobic001G413300 Sobic004G320900 Sobic004G320900 Sobic007G199901--Sobic004G320900 Sobic003G208200 Sobic003G208200 Sobic007G199901--Sobic003G208200 Sobic003G172800 Sobic003G172800 Sobic007G199901--Sobic003G172800 Sobic007G199901--Sobic003G117850 Sobic010G039150 Sobic010G039150 Sobic007G199901--Sobic010G039150 Sobic002G268600 Sobic002G268600 Sobic001G134150--Sobic002G268600 Sobic001G489550 Sobic001G489550 Sobic001G134150--Sobic001G489550 Sobic010G241400 Sobic010G241400 Sobic001G134150--Sobic010G241400 Sobic007G126150 Sobic007G126150 Sobic001G134150--Sobic007G126150 Sobic001G134150--Sobic007G207100 Sobic001G134150--Sobic004G320900 Sobic010G008433 Sobic010G008433 Sobic001G134150--Sobic010G008433 Sobic010G222050 Sobic010G222050 Sobic001G134150--Sobic010G222050 Sobic006G192900 Sobic006G192900 Sobic001G134150--Sobic006G192900 Sobic003G172600--Sobic001G230050 Sobic006G124800 Sobic006G124800 Sobic003G172600--Sobic006G124800 Sobic003G172600--Sobic003G169200 SobicK032300 SobicK032300 Sobic003G172600--SobicK032300 Sobic003G172600--Sobic003G173116 Sobic003G172600--Sobic005G139900 Sobic003G172600--Sobic003G117850 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic003G172600--Sobic010G206600 Sobic001G530201 Sobic001G530201 Sobic003G172600--Sobic001G530201 Sobic002G150200--Sobic003G130200 Sobic002G150200--Sobic004G210400 Sobic002G150200--Sobic002G148166 Sobic002G150200--Sobic005G002050 Sobic002G150200--Sobic007G207100 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic002G150200--Sobic005G110493 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G172701 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic002G150200--Sobic003G169300
Octagon: transcription factors


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