Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G038100.1
Synonym SDC
Functional annotation OsFBDUF30 - F-box and DUF domain containing protein, expressed
UniProt A0A1W0VRC5
Pfam PF03478
Panther DB PTHR33110 PTHR33110:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G04810 : Protein of unknown function (DUF295)
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g05580.1 : OsFBDUF30 - F-box and DUF domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G200900 SCC3, putative, expressed K06671: STAG1_2, SCC3, cohesin complex subunit SA-1/2
2 Sobic.010G026600 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
3 Sobic.001G440100 cell cycle checkpoint protein RAD17, putative, expressed K06662: HRAD17, cell cycle checkpoint protein
4 Sobic.004G235300 mTERF family protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial
5 Sobic.006G080400 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11851: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
6 Sobic.008G002500 RCD1, putative, expressed -
7 Sobic.001G501800 ZOS1-20 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
8 Sobic.003G101700 dnaJ domain containing protein, expressed -
9 Sobic.009G185700 mutS domain V family protein, expressed K08741: DNA mismatch repair protein MSH5
10 Sobic.006G238400 membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.004G155600 dnaJ domain containing protein, expressed -
12 Sobic.003G341700 exo70 exocyst complex subunit domain containing protein, expressed -
13 Sobic.009G251500 chromosome segregation protein sudA, putative, expressed K06669: SMC3, structural maintenance of chromosome 3 (chondroitin sulfate proteoglycan 6)
14 Sobic.010G262100 expressed protein -
15 Sobic.004G107200 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11855: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36/42
16 Sobic.008G054000 tRNA nucleotidyltransferase/polyA polymerase family protein, putative, expressed -
17 Sobic.009G124900 - -
18 Sobic.006G088200 nonsense-mediated decay UPF3, putative, expressed K14328: UPF3, regulator of nonsense transcripts 3
19 Sobic.002G425500 ATPOT1, putative, expressed -
20 Sobic.006G119400 SWIM zinc finger family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G038100 Sobic010G038100 Sobic005G200900 Sobic005G200900 Sobic010G038100--Sobic005G200900 Sobic010G026600 Sobic010G026600 Sobic010G038100--Sobic010G026600 Sobic001G440100 Sobic001G440100 Sobic010G038100--Sobic001G440100 Sobic004G235300 Sobic004G235300 Sobic010G038100--Sobic004G235300 Sobic006G080400 Sobic006G080400 Sobic010G038100--Sobic006G080400 Sobic008G002500 Sobic008G002500 Sobic010G038100--Sobic008G002500 Sobic001G501800 Sobic001G501800 Sobic010G038100--Sobic001G501800 Sobic003G101700 Sobic003G101700 Sobic010G038100--Sobic003G101700 Sobic009G185700 Sobic009G185700 Sobic010G038100--Sobic009G185700 Sobic004G355800 Sobic004G355800 Sobic005G200900--Sobic004G355800 Sobic002G154000 Sobic002G154000 Sobic005G200900--Sobic002G154000 Sobic003G360400 Sobic003G360400 Sobic005G200900--Sobic003G360400 Sobic009G251500 Sobic009G251500 Sobic005G200900--Sobic009G251500 Sobic009G088000 Sobic009G088000 Sobic005G200900--Sobic009G088000 Sobic006G118700 Sobic006G118700 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Sobic009G185700--Sobic003G077700 Sobic009G215500 Sobic009G215500 Sobic009G185700--Sobic009G215500
Octagon: transcription factors


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