Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G373700.1
Synonym
Functional annotation CW-type Zinc Finger, putative, expressed
UniProt A0A1B6QNA1
Pfam PF07496
Panther DB PTHR23336 PTHR23336:SF14
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G62900 : CW-type Zinc Finger
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g47360.1 : CW-type Zinc Finger, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a002429
Brachypodium KQK21709 , KQK21708 , KQK21714 , KQK21710 , KQK21711 , KQK21712 , KQK21713 , PNT77420 , PNT77421
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G164200 PFT1, putative, expressed K15168: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
2 Sobic.006G179400 niemann-Pick C1 protein precursor, putative, expressed K12385: Niemann-Pick C1 protein
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8 Sobic.008G164700 - -
9 Sobic.001G222000 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed -
10 Sobic.001G393700 expressed protein -
11 Sobic.009G045200 double-stranded RNA binding motif containing protein, expressed -
12 Sobic.001G478800 expressed protein -
13 Sobic.001G346700 Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed -
14 Sobic.002G148400 histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific ATX1, putative, expressed -
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16 Sobic.006G015500 ZOS9-03 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
17 Sobic.002G430300 HEAT repeat family protein, putative, expressed K06100: symplekin
18 Sobic.002G327000 villin protein, putative, expressed -
19 Sobic.009G126000 mannosylglycoprotein endo-beta-mannosidase, putative, expressed K18577: mannosylglycoprotein endo-beta-mannosidase
20 Sobic.003G052800 RST1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G373700 Sobic001G373700 Sobic002G164200 Sobic002G164200 Sobic001G373700--Sobic002G164200 Sobic006G179400 Sobic006G179400 Sobic001G373700--Sobic006G179400 Sobic003G161800 Sobic003G161800 Sobic001G373700--Sobic003G161800 Sobic006G173200 Sobic006G173200 Sobic001G373700--Sobic006G173200 Sobic002G114900 Sobic002G114900 Sobic001G373700--Sobic002G114900 Sobic001G103300 Sobic001G103300 Sobic001G373700--Sobic001G103300 Sobic001G135500 Sobic001G135500 Sobic001G373700--Sobic001G135500 Sobic008G164700 Sobic008G164700 Sobic001G373700--Sobic008G164700 Sobic001G222000 Sobic001G222000 Sobic001G373700--Sobic001G222000 Sobic007G183300 Sobic007G183300 Sobic002G164200--Sobic007G183300 Sobic003G062300 Sobic003G062300 Sobic002G164200--Sobic003G062300 Sobic009G182600 Sobic009G182600 Sobic002G164200--Sobic009G182600 Sobic006G224800 Sobic006G224800 Sobic002G164200--Sobic006G224800 Sobic001G051700 Sobic001G051700 Sobic002G164200--Sobic001G051700 Sobic005G133800 Sobic005G133800 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Octagon: transcription factors


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