Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G272100.1
Synonym Sb02g030590
Functional annotation expressed protein
UniProt Q9XE72 , A0A109NDY9 , C5X651
Pfam -
Panther DB PTHR36383
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G24090 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g35990.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a047729
Brachypodium KQJ91141
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.002G272100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G401800 bifunctional thioredoxin reductase/thioredoxin, putative, expressed K00384: trxB, thioredoxin reductase (NADPH)
2 Sobic.008G073100 uncharacterized protein ycf45, putative, expressed -
3 Sobic.001G368500 ribosomal protein L6, putative, expressed K02933: RP-L6, MRPL6, large subunit ribosomal protein L6
4 Sobic.008G050400 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase, putative, expressed -
5 Sobic.008G039600 signal recognition particle 54 kDa protein, putative, expressed K03106: SRP54, signal recognition particle subunit SRP54
6 Sobic.002G351600 prenyltransferase, putative, expressed K12501: homogentisate solanesyltransferase
7 Sobic.002G267900 expressed protein -
8 Sobic.001G083100 Unnamed(PubMedID : 24676859)@WRKY4, expressed -
9 Sobic.005G110400 pentatricopeptide repeat protein PPR986-12, putative, expressed -
10 Sobic.005G143500 aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit B, putative, expressed K02434: gatB, aspartyl-tRNA(Asn)/glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B
11 Sobic.008G171300 methyltransferase domain containing protein, putative, expressed K12502: VTE3, MPBQ/MSBQ methyltransferase
12 Sobic.003G271900 expressed protein -
13 Sobic.008G172700 OsDegp15 - Putative Deg protease homologue, expressed -
14 Sobic.006G106400 OsDegp5 - Putative Deg protease homologue, expressed -
15 Sobic.004G336200 OsClp6 - Putative Clp protease homologue, expressed K01358: clpP, ATP-dependent Clp protease, protease subunit
16 Sobic.002G406700 tyrosine-specific transport protein, putative, expressed K03834: tyrosine-specific transport protein
17 Sobic.004G012900 expressed protein -
18 Sobic.002G274200 expressed protein -
19 Sobic.001G469933 - K02946: RP-S10, MRPS10, small subunit ribosomal protein S10
20 Sobic.009G131800 peptide methionine sulfoxide reductase msrB, putative, expressed K07305: peptide-methionine (R)-S-oxide reductase


Gene co-expression network
sample Sobic002G272100 Sobic002G272100 Sobic002G401800 Sobic002G401800 Sobic002G272100--Sobic002G401800 Sobic008G073100 Sobic008G073100 Sobic002G272100--Sobic008G073100 Sobic001G368500 Sobic001G368500 Sobic002G272100--Sobic001G368500 Sobic008G050400 Sobic008G050400 Sobic002G272100--Sobic008G050400 Sobic008G039600 Sobic008G039600 Sobic002G272100--Sobic008G039600 Sobic002G351600 Sobic002G351600 Sobic002G272100--Sobic002G351600 Sobic002G267900 Sobic002G267900 Sobic002G272100--Sobic002G267900 Sobic001G083100 Sobic001G083100 Sobic002G272100--Sobic001G083100 Sobic005G110400 Sobic005G110400 Sobic002G272100--Sobic005G110400 Sobic004G336200 Sobic004G336200 Sobic002G401800--Sobic004G336200 Sobic002G401800--Sobic008G073100 Sobic002G405100 Sobic002G405100 Sobic002G401800--Sobic002G405100 Sobic004G012900 Sobic004G012900 Sobic002G401800--Sobic004G012900 Sobic002G401800--Sobic002G272100 Sobic002G401800--Sobic005G110400 Sobic005G100300 Sobic005G100300 Sobic002G401800--Sobic005G100300 Sobic002G401800--Sobic001G368500 Sobic003G077400 Sobic003G077400 Sobic002G401800--Sobic003G077400 Sobic008G073100--Sobic005G110400 Sobic008G073100--Sobic001G368500 Sobic008G073100--Sobic002G401800 Sobic003G387100 Sobic003G387100 Sobic008G073100--Sobic003G387100 Sobic008G073100--Sobic004G336200 Sobic001G309300 Sobic001G309300 Sobic008G073100--Sobic001G309300 Sobic008G073100--Sobic003G077400 Sobic008G073100--Sobic002G272100 Sobic006G106400 Sobic006G106400 Sobic008G073100--Sobic006G106400 Sobic003G324700 Sobic003G324700 Sobic001G368500--Sobic003G324700 Sobic001G368500--Sobic005G110400 Sobic003G432500 Sobic003G432500 Sobic001G368500--Sobic003G432500 Sobic001G469933 Sobic001G469933 Sobic001G368500--Sobic001G469933 Sobic001G122400 Sobic001G122400 Sobic001G368500--Sobic001G122400 Sobic001G368500--Sobic008G073100 Sobic001G368500--Sobic002G401800 Sobic003G271900 Sobic003G271900 Sobic001G368500--Sobic003G271900 Sobic005G143500 Sobic005G143500 Sobic001G368500--Sobic005G143500 Sobic008G050400--Sobic002G272100 Sobic008G050400--Sobic002G351600 Sobic008G050400--Sobic005G143500 Sobic002G274200 Sobic002G274200 Sobic008G050400--Sobic002G274200 Sobic008G050400--Sobic002G401800 Sobic008G050400--Sobic001G083100 Sobic001G495200 Sobic001G495200 Sobic008G050400--Sobic001G495200 Sobic003G232700 Sobic003G232700 Sobic008G050400--Sobic003G232700 Sobic002G406700 Sobic002G406700 Sobic008G050400--Sobic002G406700 Sobic008G039600--Sobic005G143500 Sobic008G039600--Sobic001G083100 Sobic008G039600--Sobic006G106400 Sobic008G039600--Sobic002G401800 Sobic008G039600--Sobic002G272100 Sobic010G002000 Sobic010G002000 Sobic008G039600--Sobic010G002000 Sobic008G039600--Sobic001G368500 Sobic003G094350 Sobic003G094350 Sobic008G039600--Sobic003G094350 Sobic002G181000 Sobic002G181000 Sobic008G039600--Sobic002G181000 Sobic002G351600--Sobic008G050400 Sobic002G351600--Sobic002G272100 Sobic001G167900 Sobic001G167900 Sobic002G351600--Sobic001G167900 Sobic002G351600--Sobic002G401800 Sobic008G172700 Sobic008G172700 Sobic002G351600--Sobic008G172700 Sobic006G108200 Sobic006G108200 Sobic002G351600--Sobic006G108200 Sobic004G055000 Sobic004G055000 Sobic002G351600--Sobic004G055000 Sobic004G124400 Sobic004G124400 Sobic002G351600--Sobic004G124400 Sobic003G275200 Sobic003G275200 Sobic002G351600--Sobic003G275200 Sobic002G267900--Sobic008G172700 Sobic002G267900--Sobic004G055000 Sobic002G267900--Sobic002G272100 Sobic010G277600 Sobic010G277600 Sobic002G267900--Sobic010G277600 Sobic009G183700 Sobic009G183700 Sobic002G267900--Sobic009G183700 Sobic004G326500 Sobic004G326500 Sobic002G267900--Sobic004G326500 Sobic002G267900--Sobic002G401800 Sobic008G119300 Sobic008G119300 Sobic002G267900--Sobic008G119300 Sobic002G198000 Sobic002G198000 Sobic002G267900--Sobic002G198000 Sobic005G002900 Sobic005G002900 Sobic001G083100--Sobic005G002900 Sobic009G148500 Sobic009G148500 Sobic001G083100--Sobic009G148500 Sobic001G083100--Sobic008G039600 Sobic001G083100--Sobic001G469933 Sobic006G055800 Sobic006G055800 Sobic001G083100--Sobic006G055800 Sobic001G083100--Sobic002G272100 Sobic003G372900 Sobic003G372900 Sobic001G083100--Sobic003G372900 Sobic001G054100 Sobic001G054100 Sobic001G083100--Sobic001G054100 Sobic001G083100--Sobic008G073100 Sobic005G110400--Sobic008G073100 Sobic005G110400--Sobic001G368500 Sobic001G126300 Sobic001G126300 Sobic005G110400--Sobic001G126300 Sobic005G110400--Sobic002G401800 Sobic005G110400--Sobic004G336200 Sobic005G110400--Sobic003G387100 Sobic005G110400--Sobic005G143500 Sobic005G110400--Sobic003G077400 Sobic005G110400--Sobic003G432500
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.