Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G217200.1
Synonym Sb06g028710
Functional annotation PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RG54
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF740
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G14580 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g52725.1 : PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057040 , Zm00025a050699
Brachypodium PNT61861 , PNT61860 , PNT61863 , PNT61862 , PNT61858 , PNT61859 , PNT61856 , PNT61857 , KQJ84626 , KQJ84627 , KQJ84625
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G454301 - -
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9 Sobic.006G013500 hydrolase/ zinc ion binding protein, putative, expressed K15442: TAD3, tRNA-specific adenosine deaminase 3
10 Sobic.008G117200 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1, putative, expressed K10144: RCHY1, RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
11 Sobic.004G031700 expressed protein -
12 Sobic.007G116400 - -
13 Sobic.002G140800 RNA pseudouridine synthase, putative, expressed -
14 Sobic.002G423200 importin subunit alpha-1b, putative, expressed -
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16 Sobic.006G046700 vacuolar protein sorting-associated protein 11, putative, expressed -
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20 Sobic.001G179900 DCL2, putative, expressed K11592: DICER1, endoribonuclease Dicer


Gene co-expression network
sample Sobic006G217200 Sobic006G217200 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic006G217200--Sobic001G454301 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic006G217200--Sobic002G421700 Sobic005G133500 Sobic005G133500 Sobic006G217200--Sobic005G133500 Sobic002G259800 Sobic002G259800 Sobic006G217200--Sobic002G259800 Sobic007G000800 Sobic007G000800 Sobic006G217200--Sobic007G000800 Sobic003G239900 Sobic003G239900 Sobic006G217200--Sobic003G239900 Sobic009G151200 Sobic009G151200 Sobic006G217200--Sobic009G151200 Sobic005G009200 Sobic005G009200 Sobic006G217200--Sobic005G009200 Sobic006G013500 Sobic006G013500 Sobic006G217200--Sobic006G013500 Sobic007G116400 Sobic007G116400 Sobic001G454301--Sobic007G116400 Sobic001G454301--Sobic002G421700 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic001G454301--Sobic008G117200 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic001G454301--Sobic001G094000 Sobic009G104300 Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G104300 Sobic009G239351 Sobic009G239351 Sobic001G454301--Sobic009G239351 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic001G454301--Sobic001G303675 Sobic002G140800 Sobic002G140800 Sobic001G454301--Sobic002G140800 Sobic001G454301--Sobic006G217200 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic002G421700--Sobic008G034600 Sobic002G421700--Sobic008G117200 Sobic002G421700--Sobic001G454301 Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic002G421700--Sobic002G061400 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic002G421700--Sobic005G015900 Sobic008G129700 Sobic008G129700 Sobic002G421700--Sobic008G129700 Sobic002G421700--Sobic007G116400 Sobic002G421700--Sobic001G094000 Sobic002G421700--Sobic006G217200 Sobic005G133500--Sobic009G151200 Sobic002G423200 Sobic002G423200 Sobic005G133500--Sobic002G423200 Sobic003G267800 Sobic003G267800 Sobic005G133500--Sobic003G267800 Sobic005G133500--Sobic002G259800 Sobic005G133500--Sobic006G217200 Sobic008G131000 Sobic008G131000 Sobic005G133500--Sobic008G131000 Sobic004G246100 Sobic004G246100 Sobic005G133500--Sobic004G246100 Sobic010G236400 Sobic010G236400 Sobic005G133500--Sobic010G236400 Sobic001G080900 Sobic001G080900 Sobic005G133500--Sobic001G080900 Sobic009G195200 Sobic009G195200 Sobic002G259800--Sobic009G195200 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic002G259800--Sobic001G306900 Sobic002G259800--Sobic005G015900 Sobic003G394300 Sobic003G394300 Sobic002G259800--Sobic003G394300 Sobic006G248500 Sobic006G248500 Sobic002G259800--Sobic006G248500 Sobic001G246500 Sobic001G246500 Sobic002G259800--Sobic001G246500 Sobic005G084100 Sobic005G084100 Sobic002G259800--Sobic005G084100 Sobic002G259800--Sobic002G423200 Sobic004G156500 Sobic004G156500 Sobic002G259800--Sobic004G156500 Sobic002G158700 Sobic002G158700 Sobic007G000800--Sobic002G158700 Sobic003G401100 Sobic003G401100 Sobic007G000800--Sobic003G401100 Sobic008G149800 Sobic008G149800 Sobic007G000800--Sobic008G149800 Sobic010G245000 Sobic010G245000 Sobic007G000800--Sobic010G245000 Sobic007G000800--Sobic002G259800 Sobic001G167200 Sobic001G167200 Sobic007G000800--Sobic001G167200 Sobic004G345700 Sobic004G345700 Sobic007G000800--Sobic004G345700 Sobic008G083000 Sobic008G083000 Sobic007G000800--Sobic008G083000 Sobic008G173100 Sobic008G173100 Sobic007G000800--Sobic008G173100 Sobic003G239900--Sobic008G117200 Sobic003G239900--Sobic003G267800 Sobic009G175900 Sobic009G175900 Sobic003G239900--Sobic009G175900 Sobic003G239900--Sobic006G217200 Sobic008G078100 Sobic008G078100 Sobic003G239900--Sobic008G078100 Sobic001G371000 Sobic001G371000 Sobic003G239900--Sobic001G371000 Sobic003G239900--Sobic002G421700 Sobic001G039700 Sobic001G039700 Sobic003G239900--Sobic001G039700 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic003G239900--Sobic004G031700 Sobic009G151200--Sobic006G248500 Sobic009G151200--Sobic002G259800 Sobic009G151200--Sobic005G133500 Sobic004G285000 Sobic004G285000 Sobic009G151200--Sobic004G285000 Sobic001G424600 Sobic001G424600 Sobic009G151200--Sobic001G424600 Sobic004G085300 Sobic004G085300 Sobic009G151200--Sobic004G085300 Sobic008G100100 Sobic008G100100 Sobic009G151200--Sobic008G100100 Sobic004G086200 Sobic004G086200 Sobic009G151200--Sobic004G086200 Sobic009G151200--Sobic004G156500 Sobic002G362300 Sobic002G362300 Sobic005G009200--Sobic002G362300 Sobic003G442000 Sobic003G442000 Sobic005G009200--Sobic003G442000 Sobic005G009200--Sobic001G371000 Sobic005G009200--Sobic008G129700 Sobic005G009200--Sobic008G117200 Sobic005G009200--Sobic009G151200 Sobic005G009200--Sobic002G259800 Sobic005G009200--Sobic002G421700 Sobic005G009200--Sobic008G034600 Sobic001G206100 Sobic001G206100 Sobic006G013500--Sobic001G206100 Sobic001G257300 Sobic001G257300 Sobic006G013500--Sobic001G257300 Sobic006G013500--Sobic001G306900 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic006G013500--Sobic006G080300 Sobic006G013500--Sobic004G031700 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic006G013500--Sobic009G000500 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic006G013500--Sobic003G197800 Sobic006G013500--Sobic001G094000 Sobic006G046700 Sobic006G046700 Sobic006G013500--Sobic006G046700
Octagon: transcription factors


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