Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G254200.1
Synonym Sb09g030460
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5YWZ0
Pfam PF13812 PF01535 PF14432
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF363
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G15690 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g09530.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a044769 , Zm00025a007579 , Zm00025a036770
Brachypodium KQK04597
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.009G254200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G502600 tetratricopeptide repeat containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.002G031700 - -
3 Sobic.002G142066 - K18045: SIW14, tyrosine-protein phosphatase SIW14
4 Sobic.003G208300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
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8 Sobic.008G141400 expressed protein -
9 Sobic.001G367500 arginyl-tRNA synthetase, putative, expressed -
10 Sobic.006G238600 chloride channel protein, putative, expressed K05016: chloride channel 7
11 Sobic.007G132500 F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.003G332900 expressed protein K14404: CPSF4, cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
13 Sobic.001G448700 "TUD1(Ortholog in rice:Hu et al., 2013)"(PubMedID : 31659845)@U-box domain containing protein, expressed -
14 Sobic.003G179400 NLI interacting factor(NIF) family protein(PubMedID : 26320239)@NLI interacting factor-like phosphatase, putative, expressed K15731: carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase
15 Sobic.007G191900 ACT domain containing protein, expressed -
16 Sobic.007G076900 peptidase, M24 family protein, putative, expressed K01265: methionyl aminopeptidase
17 Sobic.002G195700 Cinnamyl alcohol dehydrogenase(PubMedID : 28606901)@Cinnamyl alcohol dehydrogenase(PubMedID : 19087955)@dehydrogenase, putative, expressed K00083: cinnamyl-alcohol dehydrogenase
18 Sobic.009G004800 - -
19 Sobic.010G100800 alpha-mannosidase 2, putative, expressed K01231: alpha-mannosidase II
20 Sobic.009G105200 PPR repeat containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G254200 Sobic009G254200 Sobic001G502600 Sobic001G502600 Sobic009G254200--Sobic001G502600 Sobic002G031700 Sobic002G031700 Sobic009G254200--Sobic002G031700 Sobic002G142066 Sobic002G142066 Sobic009G254200--Sobic002G142066 Sobic003G208300 Sobic003G208300 Sobic009G254200--Sobic003G208300 Sobic001G161400 Sobic001G161400 Sobic009G254200--Sobic001G161400 Sobic002G404200 Sobic002G404200 Sobic009G254200--Sobic002G404200 Sobic001G341800 Sobic001G341800 Sobic009G254200--Sobic001G341800 Sobic008G141400 Sobic008G141400 Sobic009G254200--Sobic008G141400 Sobic001G367500 Sobic001G367500 Sobic009G254200--Sobic001G367500 Sobic001G008000 Sobic001G008000 Sobic001G502600--Sobic001G008000 Sobic004G305100 Sobic004G305100 Sobic001G502600--Sobic004G305100 Sobic010G041000 Sobic010G041000 Sobic001G502600--Sobic010G041000 Sobic006G273900 Sobic006G273900 Sobic001G502600--Sobic006G273900 Sobic005G100900 Sobic005G100900 Sobic001G502600--Sobic005G100900 Sobic003G209400 Sobic003G209400 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Octagon: transcription factors


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