Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G252500.1
Synonym Sb01g022310
Functional annotation expressed protein
UniProt C5WM73
Pfam PF04064 PF04063
Panther DB PTHR13387
NCBI CDD KOG2973; Uncharacterized conserved protein
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G14300 : ARM repeat superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g26660.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a017811
Brachypodium KQJ96574
Barley HORVU1Hr1G006950.8 , HORVU1Hr1G006950.7 , HORVU1Hr1G006950.6 , HORVU1Hr1G006950.5 , HORVU1Hr1G006950.4 , HORVU1Hr1G006950.3 , HORVU1Hr1G006950.2 , HORVU1Hr1G006950.1
Wheat TraesCSU02G006400 , TraesCS1B02G052400 , TraesCS1B02G052400 , TraesCS1A02G039400 , TraesCS1A02G039400
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cDNA sequences
Sobic.001G252500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G151600 R-interacting factor 1, putative, expressed -
2 Sobic.003G442000 IPP transferase, putative, expressed K00791: miaA, tRNA dimethylallyltransferase
3 Sobic.001G045700 "CESA3-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA2 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
4 Sobic.002G106900 OsFBLD5 - F-box, LRR and FBD domain containing protein, expressed -
5 Sobic.005G009200 expressed protein -
6 Sobic.004G077000 expressed protein -
7 Sobic.006G123900 chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplast precursor, putative, expressed -
8 Sobic.008G165100 G-patch domain containing protein, putative, expressed K13103: tuftelin-interacting protein 11
9 Sobic.007G224900 RNA recognition motif containing protein, expressed K12891: splicing factor, arginine/serine-rich 2
10 Sobic.008G034600 protein kinase PKN/PRK1, effector, putative, expressed -
11 Sobic.002G330400 pentatricopeptide, putative, expressed -
12 Sobic.008G117200 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1, putative, expressed K10144: RCHY1, RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
13 Sobic.003G136800 SNF7 domain containing protein, putative, expressed K15053: charged multivesicular body protein 7
14 Sobic.002G077200 expressed protein -
15 Sobic.002G157200 expressed protein -
16 Sobic.006G191400 - -
17 Sobic.004G333700 EF hand family protein, putative, expressed K06268: PPP3R, serine/threonine-protein phosphatase 2B regulatory subunit
18 Sobic.002G362300 prefoldin, putative, expressed -
19 Sobic.006G210200 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
20 Sobic.003G163100 expressed protein K08819: cyclin-dependent kinase 12/13


Gene co-expression network
sample Sobic001G252500 Sobic001G252500 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic001G252500--Sobic002G151600 Sobic003G442000 Sobic003G442000 Sobic001G252500--Sobic003G442000 Sobic001G045700 Sobic001G045700 Sobic001G252500--Sobic001G045700 Sobic002G106900 Sobic002G106900 Sobic001G252500--Sobic002G106900 Sobic005G009200 Sobic005G009200 Sobic001G252500--Sobic005G009200 Sobic004G077000 Sobic004G077000 Sobic001G252500--Sobic004G077000 Sobic006G123900 Sobic006G123900 Sobic001G252500--Sobic006G123900 Sobic008G165100 Sobic008G165100 Sobic001G252500--Sobic008G165100 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic001G252500--Sobic007G224900 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic002G151600--Sobic002G157000 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic002G151600--Sobic003G197800 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic002G151600--Sobic002G320500 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic002G151600--Sobic002G313300 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic009G000500 Sobic001G094000 Sobic001G094000 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Octagon: transcription factors


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