Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G195150.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0VY42
Pfam PF03807 PF14833
Panther DB PTHR22981 PTHR22981:SF53
NCBI CDD KOG0409; Predicted dehydrogenase
KEGG Orthology K18121; glyoxylate/succinic semialdehyde reductase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G17650 : glyoxylate reductase 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g39270.1 : NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a028454
Brachypodium KQK08389 , KQK08390
Barley -
Wheat TraesCS3A02G205100 , TraesCS3B02G237200 , TraesCS3D02G210300 , TraesCS3D02G210300
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G263700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed -
2 Sobic.006G013500 hydrolase/ zinc ion binding protein, putative, expressed K15442: TAD3, tRNA-specific adenosine deaminase 3
3 Sobic.003G173950 - -
4 Sobic.006G085300 Regulator of chromosome condensation domain containing protein, expressed -
5 Sobic.003G390400 expressed protein -
6 Sobic.007G225800 NOL1/NOP2/sun family protein, putative, expressed K15335: NSUN2, tRNA (cytosine34-C5)-methyltransferase
7 Sobic.002G209600 CBS domain containing protein, expressed -
8 Sobic.001G306900 tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed K12600: SKI3, superkiller protein 3
9 Sobic.005G063700 OsFBW2 - F-box domain and WD40 repeat containing protein, expressed -
10 Sobic.002G330400 pentatricopeptide, putative, expressed -
11 Sobic.001G428000 uncharacterized TPR repeat-containing protein, putative, expressed -
12 Sobic.007G065400 expressed protein K14400: pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11
13 Sobic.001G303675 - -
14 Sobic.009G210500 expressed protein -
15 Sobic.005G110472 - -
16 Sobic.002G161000 RNA recognition motif containing protein, expressed -
17 Sobic.003G197800 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative, expressed K12737: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SDCCAG10
18 Sobic.007G095500 expressed protein -
19 Sobic.001G356500 polypyrimidine tract-binding protein, putative, expressed K14948: PTBP2, polypyrimidine tract-binding protein 2
20 Sobic.006G060100 glutaredoxin, putative, expressed K17479: glutaredoxin domain-containing cysteine-rich protein 1


Gene co-expression network
sample Sobic003G195150 Sobic003G195150 Sobic006G263700 Sobic006G263700 Sobic003G195150--Sobic006G263700 Sobic006G013500 Sobic006G013500 Sobic003G195150--Sobic006G013500 Sobic003G173950 Sobic003G173950 Sobic003G195150--Sobic003G173950 Sobic006G085300 Sobic006G085300 Sobic003G195150--Sobic006G085300 Sobic003G390400 Sobic003G390400 Sobic003G195150--Sobic003G390400 Sobic007G225800 Sobic007G225800 Sobic003G195150--Sobic007G225800 Sobic002G209600 Sobic002G209600 Sobic003G195150--Sobic002G209600 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic003G195150--Sobic001G306900 Sobic005G063700 Sobic005G063700 Sobic003G195150--Sobic005G063700 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic006G263700--Sobic002G330400 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic006G263700--Sobic004G016500 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic006G263700--Sobic001G543900 Sobic006G123900 Sobic006G123900 Sobic006G263700--Sobic006G123900 Sobic002G001600 Sobic002G001600 Sobic006G263700--Sobic002G001600 Sobic006G191400 Sobic006G191400 Sobic006G263700--Sobic006G191400 Sobic007G094801 Sobic007G094801 Sobic006G263700--Sobic007G094801 Sobic010G146700 Sobic010G146700 Sobic006G263700--Sobic010G146700 Sobic008G106000 Sobic008G106000 Sobic006G263700--Sobic008G106000 Sobic001G206100 Sobic001G206100 Sobic006G013500--Sobic001G206100 Sobic001G257300 Sobic001G257300 Sobic006G013500--Sobic001G257300 Sobic006G013500--Sobic001G306900 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic006G013500--Sobic006G080300 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic006G013500--Sobic004G031700 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic006G013500--Sobic009G000500 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic006G013500--Sobic003G197800 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic006G013500--Sobic001G094000 Sobic006G046700 Sobic006G046700 Sobic006G013500--Sobic006G046700 Sobic001G356500 Sobic001G356500 Sobic003G173950--Sobic001G356500 Sobic003G241200 Sobic003G241200 Sobic003G173950--Sobic003G241200 Sobic003G173950--Sobic003G197800 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic003G173950--Sobic002G320500 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic003G173950--Sobic002G157000 Sobic007G065400 Sobic007G065400 Sobic003G173950--Sobic007G065400 Sobic004G084300 Sobic004G084300 Sobic003G173950--Sobic004G084300 Sobic009G102500 Sobic009G102500 Sobic003G173950--Sobic009G102500 Sobic003G173950--Sobic001G206100 Sobic003G383300 Sobic003G383300 Sobic006G085300--Sobic003G383300 Sobic010G232400 Sobic010G232400 Sobic006G085300--Sobic010G232400 Sobic002G402600 Sobic002G402600 Sobic006G085300--Sobic002G402600 Sobic006G085300--Sobic007G225800 Sobic001G124000 Sobic001G124000 Sobic006G085300--Sobic001G124000 Sobic006G085300--Sobic003G195150 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic006G085300--Sobic003G163100 Sobic001G202000 Sobic001G202000 Sobic006G085300--Sobic001G202000 Sobic002G380500 Sobic002G380500 Sobic006G085300--Sobic002G380500 Sobic005G110472 Sobic005G110472 Sobic003G390400--Sobic005G110472 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic003G390400--Sobic003G170100 Sobic010G129200 Sobic010G129200 Sobic003G390400--Sobic010G129200 Sobic007G137900 Sobic007G137900 Sobic003G390400--Sobic007G137900 Sobic001G251700 Sobic001G251700 Sobic003G390400--Sobic001G251700 Sobic003G390400--Sobic002G157000 Sobic008G192500 Sobic008G192500 Sobic003G390400--Sobic008G192500 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic003G390400--Sobic002G144933 Sobic001G407200 Sobic001G407200 Sobic003G390400--Sobic001G407200 Sobic008G092532 Sobic008G092532 Sobic007G225800--Sobic008G092532 Sobic007G225800--Sobic003G390400 Sobic002G346600 Sobic002G346600 Sobic007G225800--Sobic002G346600 Sobic006G063001 Sobic006G063001 Sobic007G225800--Sobic006G063001 Sobic007G225800--Sobic005G063700 Sobic002G228700 Sobic002G228700 Sobic007G225800--Sobic002G228700 Sobic007G225800--Sobic002G402600 Sobic009G191100 Sobic009G191100 Sobic007G225800--Sobic009G191100 Sobic007G225800--Sobic003G163100 Sobic004G246800 Sobic004G246800 Sobic002G209600--Sobic004G246800 Sobic007G052900 Sobic007G052900 Sobic002G209600--Sobic007G052900 Sobic002G209600--Sobic006G191400 Sobic001G269300 Sobic001G269300 Sobic002G209600--Sobic001G269300 Sobic009G251300 Sobic009G251300 Sobic002G209600--Sobic009G251300 Sobic002G209600--Sobic005G063700 Sobic008G131700 Sobic008G131700 Sobic002G209600--Sobic008G131700 Sobic007G076700 Sobic007G076700 Sobic002G209600--Sobic007G076700 Sobic002G209600--Sobic002G330400 Sobic004G138000 Sobic004G138000 Sobic001G306900--Sobic004G138000 Sobic010G065300 Sobic010G065300 Sobic001G306900--Sobic010G065300 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic001G306900--Sobic001G303675 Sobic001G306900--Sobic007G065400 Sobic001G511500 Sobic001G511500 Sobic001G306900--Sobic001G511500 Sobic004G145500 Sobic004G145500 Sobic001G306900--Sobic004G145500 Sobic002G153700 Sobic002G153700 Sobic001G306900--Sobic002G153700 Sobic001G306900--Sobic006G013500 Sobic001G306900--Sobic001G094000 Sobic005G063700--Sobic007G052900 Sobic005G063700--Sobic002G209600 Sobic001G497200 Sobic001G497200 Sobic005G063700--Sobic001G497200 Sobic005G063700--Sobic007G225800 Sobic008G105900 Sobic008G105900 Sobic005G063700--Sobic008G105900 Sobic005G063700--Sobic003G390400 Sobic006G060200 Sobic006G060200 Sobic005G063700--Sobic006G060200 Sobic005G063700--Sobic001G269300 Sobic002G000700 Sobic002G000700 Sobic005G063700--Sobic002G000700
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.