Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G310300.1
Synonym Sb03g035845
Functional annotation pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1W0VZU0
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF362
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G19440 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g19310.1 : pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027399
Brachypodium KQJ95952 , KQJ95953
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G252400 expressed protein K10706: SETX, senataxin
2 Sobic.003G043000 expressed protein -
3 Sobic.003G296900 expressed protein -
4 Sobic.008G037700 pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.003G241700 SET domain containing protein, expressed -
6 Sobic.003G107500 expressed protein K10841: ERCC6, CSB, DNA excision repair protein ERCC-6
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8 Sobic.003G308500 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed -
9 Sobic.005G038500 pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.006G250800 ABC1 family domain containing protein, putative, expressed K08869: ADCK, aarF domain-containing kinase
11 Sobic.002G296400 E3 ubiquitin-protein ligase HERC2, putative, expressed -
12 Sobic.002G079000 expressed protein -
13 Sobic.004G344000 expressed protein -
14 Sobic.002G363800 expressed protein -
15 Sobic.010G244900 auxin efflux carrier, putative, expressed K17964: leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial
16 Sobic.002G399800 PWWP domain containing protein, expressed -
17 Sobic.009G107300 3\'-5\' exonuclease, putative, expressed -
18 Sobic.009G116900 CW-type Zinc Finger, putative, expressed -
19 Sobic.007G087000 aldose 1-epimerase, putative, expressed K01792: glucose-6-phosphate 1-epimerase
20 Sobic.006G224100 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G310300 Sobic003G310300 Sobic002G252400 Sobic002G252400 Sobic003G310300--Sobic002G252400 Sobic003G043000 Sobic003G043000 Sobic003G310300--Sobic003G043000 Sobic003G296900 Sobic003G296900 Sobic003G310300--Sobic003G296900 Sobic008G037700 Sobic008G037700 Sobic003G310300--Sobic008G037700 Sobic003G241700 Sobic003G241700 Sobic003G310300--Sobic003G241700 Sobic003G107500 Sobic003G107500 Sobic003G310300--Sobic003G107500 Sobic004G265500 Sobic004G265500 Sobic003G310300--Sobic004G265500 Sobic003G308500 Sobic003G308500 Sobic003G310300--Sobic003G308500 Sobic005G038500 Sobic005G038500 Sobic003G310300--Sobic005G038500 Sobic003G114400 Sobic003G114400 Sobic002G252400--Sobic003G114400 Sobic010G169900 Sobic010G169900 Sobic002G252400--Sobic010G169900 Sobic002G252400--Sobic008G037700 Sobic002G252400--Sobic003G310300 Sobic009G116900 Sobic009G116900 Sobic002G252400--Sobic009G116900 Sobic006G250800 Sobic006G250800 Sobic002G252400--Sobic006G250800 Sobic002G084800 Sobic002G084800 Sobic002G252400--Sobic002G084800 Sobic002G079000 Sobic002G079000 Sobic002G252400--Sobic002G079000 Sobic003G021600 Sobic003G021600 Sobic002G252400--Sobic003G021600 Sobic003G043000--Sobic004G265500 Sobic001G308400 Sobic001G308400 Sobic003G043000--Sobic001G308400 Sobic003G043000--Sobic003G296900 Sobic004G357100 Sobic004G357100 Sobic003G043000--Sobic004G357100 Sobic003G043000--Sobic003G241700 Sobic009G228000 Sobic009G228000 Sobic003G043000--Sobic009G228000 SobicK028600 SobicK028600 Sobic003G043000--SobicK028600 Sobic003G163200 Sobic003G163200 Sobic003G043000--Sobic003G163200 Sobic002G227500 Sobic002G227500 Sobic003G043000--Sobic002G227500 Sobic003G296900--Sobic003G043000 Sobic001G065100 Sobic001G065100 Sobic003G296900--Sobic001G065100 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic003G296900--Sobic004G053500 Sobic003G296900--Sobic003G308500 Sobic003G296900--Sobic004G265500 Sobic003G296900--Sobic003G241700 Sobic001G255800 Sobic001G255800 Sobic003G296900--Sobic001G255800 Sobic010G000800 Sobic010G000800 Sobic003G296900--Sobic010G000800 Sobic004G131300 Sobic004G131300 Sobic003G296900--Sobic004G131300 Sobic008G037700--Sobic002G252400 Sobic008G037700--Sobic002G084800 Sobic008G037700--Sobic009G116900 Sobic006G106300 Sobic006G106300 Sobic008G037700--Sobic006G106300 Sobic008G176000 Sobic008G176000 Sobic008G037700--Sobic008G176000 Sobic010G091400 Sobic010G091400 Sobic008G037700--Sobic010G091400 Sobic008G037700--Sobic010G169900 Sobic003G409900 Sobic003G409900 Sobic008G037700--Sobic003G409900 Sobic008G037700--Sobic003G021600 Sobic003G241700--Sobic003G043000 Sobic003G241700--Sobic003G296900 Sobic003G241700--Sobic009G228000 Sobic004G209700 Sobic004G209700 Sobic003G241700--Sobic004G209700 Sobic003G241700--Sobic004G265500 Sobic003G241700--Sobic010G000800 Sobic006G234700 Sobic006G234700 Sobic003G241700--Sobic006G234700 Sobic004G213800 Sobic004G213800 Sobic003G241700--Sobic004G213800 Sobic010G034100 Sobic010G034100 Sobic003G241700--Sobic010G034100 Sobic004G001500 Sobic004G001500 Sobic003G107500--Sobic004G001500 Sobic002G043800 Sobic002G043800 Sobic003G107500--Sobic002G043800 Sobic002G383600 Sobic002G383600 Sobic003G107500--Sobic002G383600 Sobic001G310100 Sobic001G310100 Sobic003G107500--Sobic001G310100 Sobic004G146600 Sobic004G146600 Sobic003G107500--Sobic004G146600 Sobic003G298200 Sobic003G298200 Sobic003G107500--Sobic003G298200 Sobic003G373500 Sobic003G373500 Sobic003G107500--Sobic003G373500 Sobic005G187300 Sobic005G187300 Sobic003G107500--Sobic005G187300 Sobic010G014100 Sobic010G014100 Sobic003G107500--Sobic010G014100 Sobic004G265500--Sobic003G043000 Sobic004G265500--Sobic003G163200 Sobic004G265500--Sobic001G308400 Sobic004G265500--Sobic004G357100 Sobic004G265500--Sobic010G000800 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic004G265500--Sobic002G042600 Sobic004G265500--Sobic004G053500 Sobic004G265500--SobicK028600 Sobic004G265500--Sobic002G227500 Sobic003G146600 Sobic003G146600 Sobic003G308500--Sobic003G146600 Sobic006G125500 Sobic006G125500 Sobic003G308500--Sobic006G125500 Sobic003G308500--Sobic003G296900 Sobic006G002800 Sobic006G002800 Sobic003G308500--Sobic006G002800 Sobic004G019200 Sobic004G019200 Sobic003G308500--Sobic004G019200 Sobic002G371600 Sobic002G371600 Sobic003G308500--Sobic002G371600 Sobic003G012000 Sobic003G012000 Sobic003G308500--Sobic003G012000 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic003G308500--Sobic001G145400 Sobic006G245900 Sobic006G245900 Sobic003G308500--Sobic006G245900 Sobic005G038500--Sobic004G146600 Sobic010G132600 Sobic010G132600 Sobic005G038500--Sobic010G132600 Sobic005G038500--Sobic003G107500 Sobic003G105900 Sobic003G105900 Sobic005G038500--Sobic003G105900 Sobic005G038500--Sobic005G187300 Sobic005G038500--Sobic010G014100 Sobic005G038500--Sobic003G310300 Sobic001G094600 Sobic001G094600 Sobic005G038500--Sobic001G094600 Sobic005G038500--Sobic004G001500
Octagon: transcription factors


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