Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G012400.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6PFA8
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g34920.1 : apomixis-related protein Pca21, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.007G012400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G324300 zinc finger C3HC4 type family protein, putative, expressed K10695: E3 ubiquitin-protein ligase RNF1/2
2 Sobic.007G182500 bZIP family transcription factor, putative, expressed -
3 Sobic.007G018000 expansin precursor, putative, expressed -
4 Sobic.004G075100 - -
5 Sobic.009G031600 expressed protein -
6 Sobic.002G374200 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9, putative, expressed K03017: RPB9, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
7 Sobic.006G066600 DNA-binding protein S1FA, putative, expressed -
8 Sobic.010G237800 ZOS1-21 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
9 Sobic.007G208200 expressed protein -
10 Sobic.001G395000 expressed protein -
11 Sobic.004G102900 FUWA(Ortholog in rice:Chen 2015)(PubMedID : 31659879)@"encodes an NHL domain-containing protein regulating panicle architecture, grain shape and grain weight"(PubMedID : 26043067)@NHL repeat-containing protein, putative, expressed -
12 Sobic.001G042500 expressed protein -
13 Sobic.001G052900 thioredoxin, putative, expressed K03671: thioredoxin 1
14 Sobic.002G046300 expressed protein -
15 Sobic.001G087300 - -
16 Sobic.004G318400 MTD1, putative, expressed -
17 Sobic.003G297200 lipase, putative, expressed -
18 Sobic.004G353500 oxidoreductase, putative, expressed K00472: prolyl 4-hydroxylase
19 Sobic.001G347400 expressed protein -
20 Sobic.002G300000 expansin precursor, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G012400 Sobic007G012400 Sobic003G324300 Sobic003G324300 Sobic007G012400--Sobic003G324300 Sobic007G182500 Sobic007G182500 Sobic007G012400--Sobic007G182500 Sobic007G018000 Sobic007G018000 Sobic007G012400--Sobic007G018000 Sobic004G075100 Sobic004G075100 Sobic007G012400--Sobic004G075100 Sobic009G031600 Sobic009G031600 Sobic007G012400--Sobic009G031600 Sobic002G374200 Sobic002G374200 Sobic007G012400--Sobic002G374200 Sobic006G066600 Sobic006G066600 Sobic007G012400--Sobic006G066600 Sobic010G237800 Sobic010G237800 Sobic007G012400--Sobic010G237800 Sobic007G208200 Sobic007G208200 Sobic007G012400--Sobic007G208200 Sobic003G324300--Sobic007G208200 Sobic005G064200 Sobic005G064200 Sobic003G324300--Sobic005G064200 Sobic004G318400 Sobic004G318400 Sobic003G324300--Sobic004G318400 Sobic009G199300 Sobic009G199300 Sobic003G324300--Sobic009G199300 Sobic003G324300--Sobic007G182500 Sobic003G324300--Sobic007G012400 Sobic003G324300--Sobic007G018000 Sobic006G143300 Sobic006G143300 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Octagon: transcription factors


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