Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G088866.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt C6JRP9 , A0A109NDU3
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g24954.1 : ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT66950
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G171100 peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1, putative, expressed K12736: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1
2 Sobic.007G071400 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
3 Sobic.004G010600 expressed protein K09602: ubiquitin thioesterase protein OTUB1
4 Sobic.009G184600 zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein, expressed -
5 Sobic.010G080600 - -
6 Sobic.003G309050 - -
7 Sobic.001G507600 cysteinyl-tRNA synthetase, putative, expressed K01883: CARS, cysteinyl-tRNA synthetase
8 Sobic.005G098800 CIP111, putative, expressed K14575: AFG2, DRG1, AAA family ATPase
9 Sobic.009G185700 mutS domain V family protein, expressed K08741: DNA mismatch repair protein MSH5
10 Sobic.003G188400 glutamate dehydrogenase protein, putative, expressed K00262: E1.4.1.4, glutamate dehydrogenase (NADP+)
11 Sobic.002G043100 histone deacetylase, putative, expressed K11407: histone deacetylase 6
12 Sobic.007G043200 (31.4% identity with SbCCoAOMT/43.2% similarity)(PubMedID : 27457122)@Functions are not investigated(PubMedID : 29721721)@caffeoyl-CoA O-methyltransferase, putative, expressed -
13 Sobic.002G372500 exportin 1, putative, expressed K14288: exportin-T
14 Sobic.006G125500 expressed protein -
15 Sobic.006G026250 - -
16 Sobic.007G094500 KH domain containing protein, putative, expressed -
17 Sobic.001G097200 phosphatidylinositol kinase, putative, expressed K08873: serine/threonine-protein kinase SMG1
18 Sobic.008G092800 expressed protein -
19 Sobic.001G286500 expressed protein -
20 Sobic.001G283300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G088866 Sobic008G088866 Sobic007G171100 Sobic007G171100 Sobic008G088866--Sobic007G171100 Sobic007G071400 Sobic007G071400 Sobic008G088866--Sobic007G071400 Sobic004G010600 Sobic004G010600 Sobic008G088866--Sobic004G010600 Sobic009G184600 Sobic009G184600 Sobic008G088866--Sobic009G184600 Sobic010G080600 Sobic010G080600 Sobic008G088866--Sobic010G080600 Sobic003G309050 Sobic003G309050 Sobic008G088866--Sobic003G309050 Sobic001G507600 Sobic001G507600 Sobic008G088866--Sobic001G507600 Sobic005G098800 Sobic005G098800 Sobic008G088866--Sobic005G098800 Sobic009G185700 Sobic009G185700 Sobic008G088866--Sobic009G185700 Sobic007G171100--Sobic007G071400 Sobic010G053600 Sobic010G053600 Sobic007G171100--Sobic010G053600 Sobic001G352900 Sobic001G352900 Sobic007G171100--Sobic001G352900 Sobic002G043100 Sobic002G043100 Sobic007G171100--Sobic002G043100 Sobic008G017100 Sobic008G017100 Sobic007G171100--Sobic008G017100 Sobic004G019200 Sobic004G019200 Sobic007G171100--Sobic004G019200 Sobic010G174700 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Octagon: transcription factors


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